Класс инфузории: Oligohymenophorea — Encyclopedia of Life

Класс Инфузории (Infusoria) — Биология животных

Общая информация

Инфузории отличаются наиболее сложной организацией среди одноклеточных животных (рис. 53). Тело их покрыто пелликулой и поэтому имеет относительно постоянную форму, характерную для разных видов. Органоидами движения служат реснички, которые участвуют также в захвате пищи. Одна из характерных черт инфузорий — ядерный комплекс, состоящий, как правило, из макро — и микронуклеуса. У некоторых инфузорий имеется несколько малых ядер. Бесполое размножение инфузорий происходит поперечным делением и изредка почкованием. Половой процесс протекает по типу конъюгации.

Описано около 6 тыс. видов инфузорий. Они населяют пресные воды и моря, встречаются в почве, обитают в теле различных животных в качестве паразитов или симбионтов. Среди свободно-живущих видов большая часть плавает в толще воды, держась близ дна. Некоторые инфузории, например стилонихии (Stylo—nichia, отр. Равноресничныс

Holoiricha), передвигаются по субстрату на утолщенных ресничках, как на ножках. Ряд видов инфузорий ведет сидячий образ жизни. Так живут своеобразные сувойки (Vorticella, отр. Спиралыюресничные Spirotrieha), бока-лообразное тело которых прикрепляется к субстрату длинным стебельком. При каком-либо раздражении последний закручивается спиралью, подтягивая животное. По верхнему краю тела сувоек, вокруг ротовой воронки, расположен ряд ресничек, подгоняющих пищу.

Нередко сувойки живут целыми колониями. Распространение сувоек в пространстве осуществляется с помощью подвижных особей, отпочковывающихся от материнского организма.

Большинство инфузорий питаются различными бактериями, водорослями,   разлагающимися   остатками   разных   организмов.

Среди инфузорий имеются и хищные виды, нападающие на других микроскопических животных. Интересны сосущие инфузории, снабженные особыми трубочками.

Поймав с помощью последних живую добычу (обычно инфузорию другого вида), эти животные сначала убивают ее ядовитыми выделениями, а затем высасывают. Питание многих свободнодвижущихся инфузорий бактериями позволяет считать их санитарами водоемов. Одна инфузория туфелька за 1 ч может поглотить тысячи бактерий.

Ряд инфузорий ведут паразитический образ жизни (рис. 54). Так, инфузория балантидиум (Balantidium) поселяется в толстых кишках человека. Инфузории ихтиофтириусы (Ichtyophthirius), поселяясь на жабрах и в коже карпов, форелей и других рыб, вызывают воспаление тканей и могут привести к гибели рыб.

Особый интерес представляет большая группа инфузорий — панцирные инфузории из семейства Ophryoscolecldae(отр. Спиральноресничные), живущие в содержимом рубца желудка жвачных животных. Некоторые из них покрыты плотной оболочкой (отсюда название — панцирные инфузории). Реснички обычно сохраняются только вокруг ротовой воронки и пояском вокруг тела.

У здоровых коров в 1 см3 содержимого рубца их бывает до 2 млн. По-видимому, инфузории способствуют перевариванию клетчатки пищи жвачных. Инфузории, попадая из рубца с пищей в сычуг и кишечник, становятся белковой пищей скота.

Урок биологии 7 класс. Тема: «Класс Инфузории» | План-конспект урока по биологии (7 класс) на тему:

Биология 7 класс. Технологическая карта урока.

 тема: «Класс Инфузории»

Лабораторная работа №1 Строение и передвижение инфузории-туфельки

Тип урока: открытие новых знаний

Форма урока: Лабораторная работа

УУД: Регулятивные: принимать решения в проблемной ситуации на основе переговоров, прилагать волевые усилия и преодолевать трудности и препятствия на пути достижения целей. 

Личностные: оценивание усваиваемого содержания (исходя из социальных и личностных ценностей), обеспечивающее личностный моральный выбор. 

Коммуникативные: аргументировать свою точку зрения, вступать в диалог, а также устанавливать в коллективном возбуждении проблем, участвовать в дискуссии и аргументировать свою позицию.

Планируемые образовательные результаты: 

Предметные: Систематизировать знания учащихся о строении и жизнедеятельности инфузории-туфельки; сформировать о ее значении. 

Метапредметные: Умение работать с источниками биологической информации, умение адекватно использовать речевые средства для дискуссии, сравнивать разные точки зрения. 

Личностные: Формирование ответственного отношения обучению, умение самостоятельно приобрести знания, способность к самоконтролю.

1. Актуализация
Определение цели урока через мотивацию	Создание условий для эффективного усвоения знаний о строении одноклеточного организма.	сами формулируют задачи урока
2.Открытие нового знания
Лабораторная работа	Использование готовых препаратов. Знакомство со строением	Работают в паре самостоятельно. Смотрят клетки в микроскоп, делают рисунки и подписи к ним. Выводы строят.
3.Первичная проверка понимания изученного
	Учитель задает вопросы в форме «Вопрос-ответ».	Отвечают на вопросы.
4.Итог урока
Организует беседу с классом по вопросам:	1.Достигли ли вы цели урока? 2.Что было главным на уроке? 3.Какие затруднения у вас возникли при работе на уроке? 4. Что нового вы узнали? 5.Что было интересным? 6. Чему научились?
5.Рефлексия
Высказывание обучающихся по вопросу:	Будут ли Вами востребованы знания по строению клеток растений.	Выполняют задание учителя.

Новый вклад в филогению класса инфузорий Heterotrichea (Protista, Ciliophora): анализ на уровне семейства-рода и новые эволюционные гипотезы

• Азам Ф., Фенчел Т., Филд Дж. -Рейл, Л.А., и Тинстад, Ф. (1983). Экологическая роль микробов водной толщи моря. Mar Ecol Prog Ser 10, 257–263.

  Google Scholar

• Боскаро В., Кардуччи Д., Барбьери Г., Сенра М.В.Х., Андреоли И., Эрра Ф., Петрони Г., Верни Ф. и Фокин С.И. (2014) . Сосредоточение внимания на родах для улучшения идентификации видов: пересмотренная систематика инфузорий

  Спиростомум. Протист 165, 527–541.

  ПабМед Google Scholar

• Кампелло-Нунес, П.Х., Фернандес, Н.М., Соколи, Ф., Петрони, Г. и да Силва-Нето, И.Д. (2018). Морфология и филогенетическое положение Gruberia lanceolata (Gruber 1884) (Ciliophora, Heterotrichea) из Рио-де-Жанейро, Бразилия. J Eukaryot Microbiol 65, 902–912.

  КАС пабмед Google Scholar

• Кастресана, Дж. (2000). Выбор консервативных блоков из нескольких выравниваний для их использования в филогенетическом анализе. Мол Биол Эвол 17, 540–552.

  КАС пабмед Google Scholar

• Чен, X., Цзян, Ю., Гао, Ф., Чжэн, В., Крок, Т.Дж., Стовер, Н.А., Лу, К., Кац, Л.А., и Сонг, В. (2019a). Анализ генома новой модели протиста

  Euplotes vannus с упором на перестройку генома и устойчивость к стрессовым факторам окружающей среды. Мол Эколь Ресурс 19, 1292–1308 гг.

  КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar

• Чен Х.М., Ли Дж. и Сюй К.Д. (2019б). Анализ филогении спорного семейства Condylostomatidae (Ciliophora, Heterotrichea) на основе мультигенов. Зоол Скр 49, 1–15.

  Google Scholar

• Чен Х., Ким Дж. Х., Шазиб С.У.А., Квон С.Б. и Шин М.К. (2017). Морфология и молекулярная филогения трех видов гетеротрихид (Ciliophora, Heterotrichea), включая новый вид из Анигштейн. Eur J Protistol 61, 278–293.

  ПабМед Google Scholar

• Чен, X.R., Ма, H.G., Чжу, M.Z., и Ху, X.Z. (2011). Морфологические исследования семи гетеротрихидных инфузорий, собранных в прибрежных водах Циндао (на китайском языке). Acta Hydrobiol Sin 35, 920–928.

  Google Scholar

• Чен Х., Шазиб С.У.А., Ким Дж.Х., Ким М.С. и Шин М.К. (2018). Новые вклады в Gruberia lanceolata (Gruber, 1884) Kahl, 1932 на основе анализа нескольких популяций и генов (Ciliophora, Heterotrichea, Gruberiidae). Евр Дж Протистол 65, 16–30.

  ПабМед Google Scholar

• Ченг, Т. , Ван, Ю., Хуан, Дж., Чен, X., Чжао, X., Гао, С., и Сун, В. (2019). Наш недавний прогресс в эпигенетических исследованиях с использованием модели инфузории Tetrahymena thermophila. Mar Life Sci Technol 1, 4–14.

  Google Scholar

• Чи, Ю., Дуан, Л., Луо, X., Ченг, Т., Уоррен, А., Хуанг, Дж., и Чен, X. (2020). Новый вклад в таксономию и молекулярную филогению трех хорошо известных пресноводных видов инфузорий рода Spirostomum (Protozoa: Ciliophora: Heterotrichea). Zool J Linn Soc 189, 158–177.

  Google Scholar

• Декстер, Дж. П., Прабакаран, С., и Гунавардена, Дж. (2019 г.). Сложная иерархия поведения избегания у одноклеточного эукариота. Карр Биол 29, 4323–4329.e2.

  КАС пабмед Google Scholar

• Фернандес, Н.М., да Силва Нето, И.Д., и Шраго, К.Г. (2014). Морфология и филогенетическое положение необычного Stentor polymorphus (Ciliophora: Heterotrichea) без симбиотических водорослей.

  J Eukaryot Microbiol 61, 305–312.

  КАС пабмед Google Scholar

• Фернандес Н.М., Пайва Т.С., да Силва-Нето И.Д., Шлегель М. и Шраго К.Г. (2016). Расширенный филогенетический анализ класса Heterotrichea (Ciliophora, Postciliodesmatophora) с использованием пяти молекулярных маркеров и морфологических данных. Мол Филогенет Эвол 95, 229–246.

  ПабМед Google Scholar

• Фернандес, Н.М., Диас, Р.Дж.П., Шраго, К.Г., и Сильва-Нето, И.Д. (2015). Переописание и филогенетическое положение Condylostoma arenarium Spiegel, 1926 (Ciliophora, Heterotrichea) из залива Гуанабара, Бразилия. J Eukaryot Microbiol 62, 722–732.

  ПабМед Google Scholar

• Фойсснер, В. (1998). Кариореликтиды (Protozoa: Ciliophora), уникальное и загадочное сообщество морских интерстициальных инфузорий: обзор, подчеркивающий ресничные структуры и эволюцию.

  Evol Relat Protozoa 305–325.

• Фойсснер В. и Вёльфль С. (1994). Пересмотр рода Stentor Oken (Protozoa, Ciliophora) и описание S. araucanus nov. spec, из озер Южной Америки. Дж. Планктон Рез. 16, 255–289.

  Google Scholar

• Гао, Ф., Кац, Л.А., и Сонг, В. (2012). Взгляд на филогенетическую и таксономию филастеридных инфузорий (Protozoa, Ciliophora, Scuticociliatia) на основе анализа множественных молекулярных маркеров. Мол Филогенет Эвол 64, 308–317.

  ПабМед Google Scholar

• Гао, Ф., Уоррен, А., Чжан, К., Гонг, Дж., Мяо, М., Сунь, П., Сюй, Д., Хуан, Дж., Йи, З. и Песня, В. (2016). Основанная на всех данных эволюционная гипотеза реснитчатых простейших с пересмотренной классификацией типа Ciliophora (Eukaryota, Alveolata). Научный представитель 6, 24874.

  PubMed ПабМед Центральный Google Scholar

• Гонг Р. , Цзян Ю., Валлези А., Гао Ю. и Гао Ф. (2020). Спряжение в Euplotes raikovi (Protista, Ciliophora): новое понимание ядерных событий и развития макроядер на основе микроядерных и амикроядерных клеток. Микроорганизмы 8, 162.

  CAS ПабМед Центральный Google Scholar

• Гонг Ю.К., Ю Ю.Х., Чжу Ф.Ю. и Фэн В.С. (2007). Молекулярная филогения Stentor (Ciliophora: Heterotrichea) на основе последовательностей малой субъединицы рибосомной РНК. Дж. Эукариот Микробиол 54, 45–48.

  КАС пабмед Google Scholar

• Гуи М., Гиндон С. и Гаскуэль О. (2009). SeaView версии 4: многоплатформенный графический пользовательский интерфейс для выравнивания последовательностей и построения филогенетического дерева. Мол Биол Эвол 27, 221–224.

  ПабМед Google Scholar

• Гринвуд С.Дж., Шлегель М., Согин М. Л. и Линн Д.Х. (1991). Филогенетические отношения Blepharisma americanum и Colpoda inflata в пределах типа Ciliophora, выведенные из полных последовательностей генов рРНК малых субъединиц. J Protozool 38, 1–6.

  КАС пабмед Google Scholar

• Онсбринг Х., Джейми М. и Эттема Т.Дж.Г. (2018). Секвенирование РНК клеточных фрагментов Stentor выявляет транскрипционные изменения во время клеточной регенерации. Карр Биол 28, 1281–1288.

  КАС пабмед Google Scholar

• Хайнс, Х.Н., Онсбринг, Х., Эттема, Т.Дж.Г., и Эстебан, Г.Ф. (2018). Молекулярное исследование инфузории Spirostomum semivirescens с первым транскриптомом и новыми географическими записями. Протист 169, 875–886.

  КАС пабмед Google Scholar

• Hu, X.Z., Lin, X.F., and Song, W.B. (2019). Атлас инфузорий: виды, обитающие в Южно-Китайском море. (Пекин: Science Press).

  Google Scholar

• Янковски А.В. (1964). Морфология и эволюция Ciliophora. III. Диагнозы и филогенез 53 сапропелебионтов, в основном отряда Heterotrichida. Арка Протистенька 107, 185–294.

  Google Scholar

• Джером, К.А., Линн, Д.Х., и Саймон, Э.М. (1996). Описание Tetrahymena empidokyrea n.sp., нового вида в комплексе родственных видов Tetrahymena pyriformis (Ciliophora, Oligohymenophorea), и оценка его филогенетического положения с использованием последовательностей рРНК малых субъединиц. Джан Джей Зул 74, 1898–1906.

  КАС Google Scholar

• Цзян Ю., Чжан Т., Валлези А., Ян С. и Гао Ф. (2019). Анализ динамики ядерных событий при конъюгации у морской инфузории Euplotes vannus и сравнение с другими инфузориями (Protozoa, Ciliophora). Клеточный цикл 18, 288–298.

  КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar

• Ким Дж.Х. и Шин М.К. (2015). Новое открытие двух гетеротрихидных инфузорий, Climacostomum virens и Fabrea salina (Ciliophora: Heterotrichea: Heterotrichida) в Корее. Anim Systat Evol Divers 31, 182–190.

  Google Scholar

• Ли, X., Хуанг, Дж., Филкер, С., Стоек, Т., Би, Ю., Ю, Ю. и Сонг, В. (2019). Пространственно-временные закономерности зоопланктона в притоке, затронутом основной ствольной плотиной: тематическое исследование реки Сянси водохранилища Трех ущелий, Китай. Sci China Life Sci 62, 1058–1069.

  КАС пабмед Google Scholar

• Лоббан, К.С., Халлам, С.Дж., Мукерджи, П. и Петрич, Дж.В. (2007). Фотофизика и многофункциональность гиперициноподобных пигментов гетеротрихных инфузорий: филогенетический взгляд. Фотохим Фотобиол 83, 1074–1094.

  КАС пабмед Google Scholar

• Лоббан, К.С., Шефтер, М., Симпсон, А.Г.Б., Почон, X., Павловский, Дж., и Фойснер, В. (2002). Maristentor dinoferus н. ген., н. sp., гигантская гетеротриховая инфузория (Spirotricea: Heterotrichida) с зооксантеллами, обнаруженная на коралловых рифах острова Гуам, Марианские острова. Мар Биол 140, 411–423.

  Google Scholar

• Лу, Б., Ли, Л., Ху, X., Джи, Д., Аль-Рашейд, К.А.С., и Сонг, В. (2019). Новый вклад в семейство перитрихов Vaginicolidae (Protista: Ciliophora) с морфологическим и филогенетическим анализом малоизвестных видов из Pyxicola, Cothurnia и Vaginicola. Zool J Linn Soc 187, 1–30.

  Google Scholar

• Луо, Дж., Ма, М., Лу, Б., Ли, X., Уоррен, А., Ши, Ю. и Чен, X. (2019). Таксономия и филогения малоизвестной гетеротриховой инфузории Ampullofolliculina lageniformis Hadži, 1951 (Ciliophora: Heterotrichea). J Eukaryot Microbiol 66, 925–936.

  ПабМед Google Scholar

• Линн, Д. Х. (2008) Ресничные простейшие: характеристика, классификация и справочник по литературе. 3-е изд. (нем. Springer).

  Google Scholar

• Медлин Л., Элвуд Х.Дж., Стикель С. и Согин М.Л. (1988). Характеристика ферментативно амплифицированных эукариотических 16S-подобных рРНК-кодирующих областей. Ген 71, 491–499.

  КАС пабмед Google Scholar

• Мяо, М., Сонг, В., Клэмп, Дж. К., Аль-Рашеид, К.А.С., Аль-Хедхайри, А.А., и Аль-Арифи, С. (2009). Дальнейшее рассмотрение филогении некоторых «традиционных» гетеротрихов (Protista, Ciliophora) с неопределенным сродством на основе новых последовательностей гена малой субъединицы рРНК. Дж. Эукариот Микробиол 56, 244–250.

  КАС пабмед Google Scholar

• Мяо, В. , Симпсон, А.Г.Б., Фу, К., и Лоббан, К.С. (2005). Гигантская инфузория, несущая зооксантеллы Maristentor dinoferus (Heterotrichea) тесно связан с Folliculinidae. Дж. Эукариот Микробиол 52, 11–16.

  ПабМед Google Scholar

• Миллер, М.А., Пфайффер, В., и Шварц, Т. (2010) Создание научного портала CIPRES для вывода больших филогенетических деревьев. Семинар по шлюзовым вычислительным средам, 1–9.

• Морейра Д., фон дер Хейден С., Басс Д., Лопес-Гарсия П., Чао Э. и Кавалье-Смит Т. (2007). Глобальная филогения эукариот: комбинированные деревья рибосомной ДНК с малыми и большими субъединицами поддерживают монофилию Rhizaria, Retaria и Excavata. Мол Филогенет Эвол 44, 255–266.

  КАС пабмед Google Scholar

• Нюландер, Дж.А.А. (2004). MrModelтест вер. 2. Центр эволюционной биологии Упсальского университета, Швеция.

  Google Scholar

• Пан Б. , Чен С., Хоу Л., Чжан К., Цюй З., Уоррен А. и Мяо М. (2019). Сравнительный геномный анализ инфузорий позволяет получить представление об истории эволюции внутри сообщества «Nassophorea-Synhymenia-Phyllopharyngea». Фронт Микробиол 10, 2819.

  ПабМед ПабМед Центральный Google Scholar

• Пан Х. и Стоек Т. (2017). Переописание галофильной инфузории Blepharisma halophilum Ruinen, 1938 (Ciliophora, Heterotrichea, Heterotrichida) показывает, что род Blepharisma не является монофилетическим. Евр. Дж. Протистол 61, 20–28.

  ПабМед Google Scholar

• Пек Р., Пелват Б., Боливар И. и Де Халлер Г. (1975). Световая и электронно-микроскопическая микроскопия гетеротриховых инфузорий Climacostomum virens. J Protozool 22, 368–385.

  Google Scholar

• Пенн О., Привман Э., Ландан Г., Граур Д. и Пупко Т. (2010). Показатель достоверности выравнивания, отражающий надежность для определения неопределенности дерева. Мол Биол Эвол 27, 1759–1767.

  КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar

• Перротта, К., Буонано, Ф., Зеккини, С., Джавацци, А., Проетти Серафини, Ф., Каталани, Э., Гуэрра, Л., Белардинелли, М.К., Пиккиетти, С., Фаусто , А.М. и др. (2016). Климакостол снижает прогрессирование опухоли в мышиной модели меланомы посредством р53-зависимой внутренней программы апоптоза. Научный представитель 6, 27281.

  CAS пабмед ПабМед Центральный Google Scholar

• Репак, А.Дж. (1972). Переописание Climacostomum virens (Ehrenberg) Stein и предложение нового семейства гетеротриховых инфузорий Climacostomidae fam. п.. J Protozool 19, 417–427.

  Google Scholar

• Ронквист Ф. , Тесленко М., ван дер Марк П., Айрес Д.Л., Дарлинг А., Хёна С., Ларгет Б., Лю Л., Сушард М.А., и Хюльзенбек, JP (2012). MrBayes 3.2: эффективный байесовский филогенетический вывод и выбор модели в большом модельном пространстве. Систат Биол 61, 539–542.

  Google Scholar

• Росати Г., Модео Л., Мелаи М., Петрони Г. и Верни Ф. (2004). Междисциплинарный подход к описанию протистов: морфологическое, ультраструктурное и молекулярное исследование Peritromus kahli Villeneuve-Brachon, 1940 (Ciliophora, Heterotrichea). Дж. Эукариот Микробиол 51, 49–59.

  ПабМед Google Scholar

• Шмидт С.Л., Фойснер В., Шлегель М. и Бернхард Д. (2007). Молекулярная филогения Heterotrichea (Ciliophora, Postciliodesmatophora) на основе последовательностей генов малых субъединиц рРНК. Дж. Эукариот Микробиол 54, 358–363.

  КАС пабмед Google Scholar

• Шао, К. , Сонг, В., Ху, X., Ма, Х., Чжу, М. и Ван, М. (2006). Деление клеток и морфология морских инфузорий, Condylostoma spatiosum Ozaki и Yagiu (Ciliophora, Heterotrichida) на основе китайской популяции. Евр. J Протистол 42, 9–19.

  ПабМед Google Scholar

• Шазиб С.У.А., Вдачный П., Ким Дж.Х., Джанг С.В. и Шин М.К. (2014). Филогенетические отношения инфузорий класса Heterotrichea (Protista, Ciliophora, Postciliodesmatophora) выведены из множества молекулярных маркеров и стратегии многогранного анализа. Мол Филогенет Эвол 78, 118–135.

  ПабМед Google Scholar

• Шазиб С.У.А., Вдачный П., Ким Дж.Х., Джанг С.В. и Шин М.К. (2016). Молекулярная филогения и разграничение видов внутри рода инфузорий Spirostomum (Ciliophora, Postciliodesmatophora, Heterotrichea) с использованием внутренней транскрибируемой спейсерной области. Мол Филогенет Эвол 102, 128–144.

  ПабМед Google Scholar

• Шазиб С.У.А., Вдачный П., Словак М., Гентекаки Э. и Шин М.К. (2019). Расшифровка филогенетических отношений и разграничение границ видов с использованием байесовского подхода к слиянию у протистов: тематическое исследование рода инфузорий Spirostomum (Ciliophora, Heterotrichea). Научный представитель 9, 16360.

  PubMed ПабМед Центральный Google Scholar

• Шэн Ю., Дуань Л., Ченг Т., Цяо Ю., Стовер Н.А. и Гао С. (2020). Завершенный макронуклеарный геном модельной инфузории Tetrahymena thermophila и ее применение в скремблировании генома и анализе количества копий. Sci China Life Sci https://doi.org/10.1007/s11427-020-1689-4.

• Симодайра, Х. (2002). Приблизительно беспристрастный тест филогенетического выбора дерева. Сыстат Биол 51, 492–508.

  Google Scholar

• Симодайра Х. и Хасегава М. (2001). CONSEL: для оценки достоверности выбора филогенетического дерева. Биоинформатика 17, 1246–1247.

  КАС пабмед Google Scholar

• Сонг В.Б., Уоррен А. и Ху Х.З. (2009). Свободноживущие инфузории в Бохайском и Желтом морях, Китай. (Пекин: Science Press).

  Google Scholar

• Сонг В. и Уилберт Н. (1997). Морфологические исследования некоторых свободноживущих инфузорий (Ciliophora: Heterotrichida, Hypotrichida) из морских биотопов Циндао, Китай, с описанием трех новых видов: Holosticha warreni nov. spec, Tachysoma ovata nov. спец. и T. dragescoi nov. спец.. Eur J Protistol 33, 48–62.

  Google Scholar

• Стаматакис, А. (2014). RAxML версии 8: инструмент для филогенетического анализа и пост-анализа больших филогений. Биоинформатика 30, 1312–1313.

  КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar

• Суоффорд, Д. Л. (2002). PAUP: Филогенетический анализ с использованием экономии (* и другие методы) Версия 4.

• Тамура, К., Петерсон, Д., Петерсон, Н., Стечер, Г., Ней, М., и Кумар, С. ( 2011). MEGA5: Молекулярно-эволюционный генетический анализ с использованием методов максимального правдоподобия, эволюционного расстояния и максимальной экономии. Мол Биол Эвол 28, 2731–2739.

  КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar

• Ванкура М.М., Ян Ю., Кац Л.А. и Маурер-Алькала X.X. (2017). Ядерные особенности гетеротриховой инфузории Blepharisma americanum: амплификация генома , жизненный цикл и включение в ядро. Дж. Эукариот Микробиол 65, 4–11.

  ПабМед ПабМед Центральный Google Scholar

• Ван К., Чжан Т., Ван Ю., Кац Л.А., Гао Ф. и Сонг В. (2017). Выявление источников изменчивости последовательностей рДНК SSU из анализа отдельных клеток инфузорий: влияние вариации числа копий и экспериментальной ошибки. Proc R Soc B 284, 20170425.

  ПабМед ПабМед Центральный Google Scholar

• Ван Ю., Цзян Ю., Лю Ю., Ли Ю., Кац Л.А., Гао Ф. и Ян Ю. (2020). Сравнительные исследования полиморфизма и изменения количества копий рДНК mtSSU у инфузорий (Protista, Ciliophora): значение для филогенетических, экологических и экологических исследований. Микроорганизмы 8, 316.

  CAS ПабМед Центральный Google Scholar

• Ван Ю., Ван К., Цзян Ю., Кац Л.А., Гао Ф. и Ян Ю. (2019a). Дальнейший анализ изменчивости числа копий рибосомной ДНК и полиморфизма у инфузорий дает представление, имеющее отношение к исследованиям как молекулярной экологии, так и филогенеза. Sci China Life Sci 62, 203–214.

  ПабМед Google Scholar

• Ван Ю., Шэн Ю., Лю Ю., Чжан В., Ченг Т., Дуань Л., Пан Б., Цяо Ю., Лю Ю. и Гао, С. (2019б). Отдельный класс эукариотических метилтрансфераз MT-A70 поддерживает симметричное метилирование ДНК N ⁶ -аденина в динуклеотидах ApT в качестве эпигенетической метки, связанной с транскрипцией. Нуклеиновые кислоты рез. 47, 11771–11789.

  КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar

• Уилберт, Н. (1975). Eine verbesserte Technik der Protargolimprägnation für Ciliaten. Микрокосмос 64, 171–179.

  Google Scholar

• Сюй Ю., Гао Ф. и Фан Х. (2018). Пересмотр систематики Peniculida (Protista, Ciliophora) на основе последовательностей генов рРНК SSU и новых морфологических признаков Marituja и Disematostoma. Гидробиология 806, 313–331.

  Google Scholar

• Ян, Ю., Чен, X., Чен, X., Гао, Ф., Аль-Фаррадж, С.А., и Аль-Рашейд, К.А. С. (2015). Морфология и молекулярная филогения трех морских Condylostoma видов из Китая, включая два новых вида (Ciliophora, Heterotrichea). Евр. J Протистол 51, 66–78.

  ПабМед Google Scholar

• Ян Ю. , Фань Ю., Чен Х., Ли Л., Уоррен А., Аль-Фаррадж С.А. и Сонг В. (2016). Таксономия и филогения трех гетеротриховых инфузорий (Protozoa, Ciliophora) с описанием нового вида Blepharisma . Zool J Linn Soc 177, 320–334.

  Google Scholar

• Ян, Ю., Маурер-Алькала, ХХ, Найт, Р., Понд, С.Л.К., и Кац, Л.А. (2019). Транскриптомика отдельных клеток выявляет корреляцию между архитектурой генома и эволюцией семейства генов у инфузорий. mBio 10, e02524–02519.

  КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar

• Чжан, Т., Фань, X., Гао, Ф., Аль-Фаррадж, С.А., Эль-Серехи, Х.А., и Сонг, В. (2019). Дальнейший анализ филогении подкласса Scuticociliatia (Protozoa, Ciliophora) на основе как ядерных, так и митохондриальных данных. Мол Филогенет Эвол 139, 106565.

  КАС пабмед Google Scholar

• Чжэн В., Чен Дж. , Доак Т.Г., Сонг В. и Ян Ю. (2020). ADFinder: точное обнаружение запрограммированной элиминации ДНК с использованием данных высокопроизводительного секвенирования NGS. Биоинформатика 36, 3632–3636.

  КАС пабмед Google Scholar

Загрузить ссылки

Спаривание стихотриховой инфузории Oxytricha trifallax индуцирует образование класса малых РНК из 27 нуклеотидов, полученных из родительского макронуклеуса

. 2012;7(8):e42371.

doi: 10.1371/journal.pone.0042371. Epub 2012 10 августа.

Алан М Залер ¹ , Захари Т. Ниб, Афина Лин, Сол Кацман

принадлежность

• ¹ Кафедра молекулярной, клеточной биологии и биологии развития и Центр молекулярной биологии РНК, Калифорнийский университет Санта-Крус, Санта-Крус, Калифорния, Соединенные Штаты Америки. [email protected]

• PMID: 226
• PMCID: PMC3416858
• DOI: 10.1371/journal.pone.0042371

Бесплатная статья ЧВК

Алан М. Захлер и соавт. ПЛОС Один. 2012.

Бесплатная статья ЧВК

. 2012;7(8):e42371.

doi: 10.1371/journal.pone.0042371. Epub 2012 10 августа.

Авторы

Алан М Захлер ¹ , Захари Т. Ниб, Афина Лин, Сол Кацман

принадлежность

• ¹ Кафедра молекулярной, клеточной и биологии развития и Центр молекулярной биологии РНК, Калифорнийский университет Санта-Крус, Санта-Крус, Калифорния, Соединенные Штаты Америки. [email protected]

• PMID: 226
• PMCID: PMC3416858
• DOI: 10.1371/journal.pone.0042371

Абстрактный

Реснитчатые простейшие обладают двумя типами ядер; транскрипционно молчащий микронуклеус, служащий ядром зародышевой линии, и транскрипционно активный макронуклеус, служащий соматическим ядром. Макронуклеус происходит от нового диплоидного микронуклеуса после спаривания, при этом эпигенетическая информация, предоставленная родительским макронуклеусом, служит для направления образования нового макронуклеуса. У стихотриховой инфузории Oxytricha trifallax макронуклеарная ДНК сильно процессирована, чтобы получить нанохромосомы размером с ген с теломерами на каждом конце. Здесь мы сообщаем, что вскоре после спаривания Oxytricha trifallax продуцируются многочисленные малые РНК из 27 нуклеотидов, которых не было до спаривания. Мы провели секвенирование нового поколения малых РНК Oxytricha из вегетативных и спаривающихся клеток. Используя сравнения последовательностей между макронуклеарными и микроядерными версиями генов, мы обнаружили, что класс РНК из 27 нуклеотидов происходит от родительского макронуклеуса, а не от развивающегося макронуклеуса. Эти малые РНК продуцируются в равной степени из обеих цепей макроядерных нанохромосом, но с крайне неравномерным распределением по длине нанохромосомы и с особым истощением в проксимальных положениях теломер длиной 30 нуклеотидов. Эта продукция малых РНК из родительского макронуклеуса во время развития макронуклеуса контрастирует с механизмом эпигенетического контроля у отдаленно родственных инфузорий Tetrahymena. У этого вида 28-29nt scanRNAs продуцируются из микроядер, и эти РНК, происходящие из микроядер, служат эпигенетическими регуляторами макронуклеарного развития. В отличие от сканРНК Tetrahymena, 27-меры макронуклеарного происхождения Oxytricha не модифицируются 2’O-метилированием на их 3′-концах. Мы предлагаем модели роли этих «27 macRNAs» в макронуклеарном развитии.

Заявление о конфликте интересов

Конкурирующие интересы: Авторы заявили об отсутствии конкурирующих интересов.

Цифры

Рисунок 1. Спаривание в отведениях Oxytricha trifallax …

Рисунок 1. Спаривание Oxytricha trifallax приводит к получению класса 27 nt…

Рисунок 1. Спаривание Oxytricha trifallax приводит к продукции класса РНК из 27 нуклеотидов. Тотальную РНК

очищали из вегетативного штамма Oxytricha trifallax (дорожки 1–4) или в различные моменты времени после смешивания комплементарных скрещивающихся штаммов (дорожки 5–11). Кроме того, тотальную РНК очищали из штамма ALXC9, обработанного в идентичных условиях при спаривании в течение 24 часов (полоса 12 — Mock 24 часа). Тотальную РНК обрабатывали фосфатазой с последующим мечением 5′-конца с помощью ³² P, разделяли на 15% полиакриламидном денатурирующем геле и визуализировали с помощью PhosphorImager. Размеры из 10-нуклеотидной лестницы Decade RNA (Ambion) указаны слева. Положения представляющих интерес малых РНК указаны справа. Дорожки 1–11 непосредственно соответствуют препаратам РНК, использованным для подготовки библиотек для секвенирования Illumina, перечисленным в том же порядке в таблице 1.

Рисунок 2. 27-нуклеотидные РНК, специфичные для спаривания…

Рисунок 2. 27-нуклеотидные РНК, специфичные для спаривания, в Oxytricha trifallax не модифицированы в их…

Рисунок 2. 27-нуклеотидные РНК, специфичные для спаривания, в Oxytricha trifallax не модифицированы на своих 3′-концах.

РНК тестировали с помощью анализа бета-элиминации, чтобы определить, есть ли модификация на 3′-конце. Испытываемые РНК представляют собой ³² P 5′-конец меченой общей РНК Oxytricha trifallax (дорожки 2–11) или 5′-конец меченого синтетического положительного контроля РНК, содержащие последовательность C. elegans lin-4 (21 нт) или mir-90 (23 нт) микроРНК, которые затем смешивали с 1,5 мкг немеченой Oxytricha тотальной РНК перед бета-элиминацией (дорожки 13–16). Указаны контрольные необработанные образцы (-) или образцы, подвергнутые реакции бета-элиминирования (+). РНК выделяли из вегетативного ALXC2 (дорожки 2 и 3) или из скрещивания ALXC2 и ALXC9.которые были собраны в указанный момент времени после смешивания (дорожки 4–11). Бета-элиминация удалит концевую рибозу, если присутствуют как свободные 2′-ОН, так и 3′-ОН, и оставит 3′-циклический фосфат. Эта потеря нуклеотида и присутствие дополнительной фосфатной группы приведет к тому, что обработанные РНК будут работать почти на два основания быстрее, чем их необработанные аналоги.

Рисунок 3. Блок-схема анализа последовательности.

Рисунок 3. Блок-схема анализа последовательности.

Рисунок 3. Блок-схема анализа последовательности.

Рисунок 4. Вегетативные библиотеки малых РНК содержат…

Рисунок 4. Библиотеки вегетативных малых РНК содержат в основном 20–22 н. РНК, а библиотеки для спаривания содержат…

Рисунок 4. Библиотеки вегетативных малых РНК содержат в основном РНК из 20–22 нт, а библиотеки для спаривания содержат в основном РНК из 27 нт.

Распределения длин считываний секвенирования в диапазоне малых РНК (18–30 нт) нанесены на график для пяти из 11 библиотек (включая по одному повтору для каждого типа клеток или временной точки). Гистограммы предназначены для отдельных считываний; учитывается только одно появление последовательности, которая встречается в библиотеке более одного раза. Пять показанных репрезентативных библиотек можно сопоставить с таблицей 1; VegALXC2 — veg02_01, VegALXC9- veg09_04, Mat24hr — mat24_06, Mat48hr — mat48_08, Mat72hr — mat72_11. Черные столбцы представляют собой чтения, сопоставленные со сборкой макронуклеарной последовательности. Белые части столбцов представляют собой чтения, которые не сопоставляются с макроядерной сборкой. Вегетативный штамм VegALXC2 способен к самоспариванию, что приводит к небольшому пику в 27 нт.

Рисунок 5. Смещение положения нуклеотидов в…

Рис. 5. Смещение положения нуклеотидов в различных классах секвенированных малых РНК.

Эти карты…

Рисунок 5. Смещение положения нуклеотидов в различных классах секвенированных малых РНК.

На этих диаграммах показана частота нуклеотидов в каждом положении для различных классов малых РНК. Отдельные последовательности в библиотеке veg09_03 и библиотеке mat24_05 фильтровали против некодирующих РНК. Отдельные РНК, прошедшие через фильтр, отбирали по размеру и определяли нуклеотидный состав каждой позиции для указанного размерного класса. А . Отдельные 20 мер из библиотеки veg09_03 (222 272 последовательности). Б . Отдельный 21 мер из библиотеки veg09_03 (416 2227 последовательностей). С . Отдельные 22 мера из библиотеки veg09_03 (327 422 последовательности). Д . Отдельные 27 меров из библиотеки mat24_05 (2 919 225 последовательностей). Е . Многочисленные 27 мер из библиотеки mat24_05, содержащие различные последовательности, которые были обнаружены 10 или более раз в библиотеке (17 981 последовательность).

Рисунок 6. РНК длиной 27 нуклеотидов считывается с…

Рисунок 6. Прочтения РНК из 27 нуклеотидов из разных библиотек спаривания выровнены по обеим цепям…

Рисунок 6. 27-нуклеотидные считывания РНК из разных библиотек спаривания выровнены по обеим нитям нанохромосомы.

На этом снимке экрана из сборки макроядерного генома Oxytricha trifallax браузера UCSC Genome Browser показана макронуклеарная нанохромосома, соответствующая гену альфа-теломер-связывающего белка, обозначенному красной полосой (Nano42874.1), с последовательностями теломер в начале и конце нанохромосома отмечена в виде маленьких черных ящиков на дорожке над ней. Верхняя дорожка показывает расположение групп последовательностей MDS или отдельных MDS, выровненных с помощью BLAT микроядерной последовательности по сравнению с макроядерным геномом. Выравнивания малых РНК размером 26–28 нуклеотидов из 7 различных библиотек спаривающихся малых РНК (mat24_05, mat24_06, mat30_07, mat48_08, mat48_09, mat55_10 и mat72_11 — см. Таблицу 1) показаны с выравниванием по плюсовой цепи нанохромосомы, обозначенной синим цветом, и выравниванием по минусовой цепи нанохромосомы, обозначенной оранжевым цветом. Цифры слева указывают общее количество последовательностей РНК длиной 26, 27 и 28 нуклеотидов из каждой из семи библиотек, картированных в макроядерном геноме.

Рисунок 7. Гистограмма нескорректированных значений p для…

Рисунок 7. Гистограмма нескорректированных p-значений для изменений относительного уровня экспрессии для 27 мер…

Рисунок 7. Гистограмма нескорректированных p-значений для изменений относительного уровня экспрессии 27-меров между библиотеками раннего и позднего спаривания.

DESeq использовали для сравнения относительных уровней экспрессии различных 27-меров, последовательность которых была обнаружена 10 или более раз в любой из библиотек спаривания. Сравнивали относительную экспрессию каждого из 57 140 распространенных 27-меров между моментами времени раннего спаривания (mat24_05, mat24_06 и mat30_07) и моментами времени более позднего спаривания (mat55_10 и mat72_11). На гистограмму наносили нескорректированные p-значения для изменений экспрессии для каждого из 27 мер.

Рисунок 8. Малые РНК длиной 27 нуклеотидов…

Рисунок 8. Малые РНК длиной 27 нуклеотидов имеют макроядерное происхождение и не требуют интрона…

Рисунок 8. Малые РНК размером 27 нуклеотидов имеют макроядерное происхождение и не требуют удаления интрона для их образования.

А . Схематическая диаграмма удаления внутренне устраненной последовательности (IES) и присоединения к макроядерной предназначенной последовательности (MDS) во время развития макроядра. Последовательности указателей представляют собой прямые повторы, обнаруживаемые в микроядре на границах МДС. В макронуклеусе находится только одна копия указателя. Б . Oxytricha trifallax Macronuclear Genome Browser Снимок экрана области гена белка, связывающего альфа-теломеры, показывающий соединения и перекрывающиеся последовательности указателей MDS 9, 10 и 11. Показана только дорожка малой РНК из библиотеки mat24_06 длиной 26–28 нуклеотидов. Обратите внимание, что малые РНК размером 26–28 н. из библиотеки mat24_06 из обеих цепей перекрывают последовательности соединения и указателя MDS. Это согласуется с тем, что эти малые РНК произошли от зрелого родительского макронуклеуса. С . Снимок экрана области гена белка, связывающего альфа-теломер, содержащей его интрон. Показаны малые РНК длиной 26–28 нуклеотидов из всех семи библиотек спаривания. Обратите внимание, что малые РНК смысловой цепи находятся внутри интрона, что указывает на то, что они могут быть процессированы из интронов. Кроме того, обнаружены малые РНК в смысловой цепи, пересекающие нижнюю границу интрона/экзона, что указывает на то, что они сделаны из РНК, которая не подвергалась процессингу интрона.

Рисунок 9. Снимки экрана четырех разных…

Рисунок 9. Снимки экрана четырех различных макронуклеарных генов из браузера макронуклеарного генома Oxytricha .

Рисунок 9. Снимки экрана четырех различных макронуклеарных генов из браузера макронуклеарного генома Oxytricha .

На каждой панели черные прямоугольники вверху представляют собой выравнивание BLAT отдельных последовательностей MDS, чтобы показать расположение соединения MDS. Короткое совпадение ниже, которое показывает расположение теломерных повторов. Красная полоса ниже показывает протяженность контига нанохромосомы. Синие и оранжевые полосы указывают на положение выравнивания малых РНК длиной 26–28 нуклеотидов из библиотеки mat24_06. Выравнивание плюсовых цепей показано синим цветом, а минусовых выравниваний прядей — оранжевым. А . ДНК-полимераза альфа. Обратите внимание, что эта нанохромосома не полностью собрана и распределена по трем частично собранным контигам на chr2. Б . Белок, связывающий бета-теломеры. С . Актин-I. Д . Белок цинковых пальцев CCCH.

Рисунок 10. Анализ распределения…

Рис. 10. Анализ распределения РНК длиной 27 нуклеотидов на макроядерных нанохромосомах.

А .…

Рис. 10. Анализ распределения РНК длиной 27 нуклеотидов на макроядерных нанохромосомах.

А . 27 н. РНК малые РНК продуцируются в равных количествах из обеих цепей нанохромосомы. Для каждой полноразмерной нанохромосомы с не менее чем десятью малыми РНК размером 26–28 нуклеотидов, выровненными с каждой цепью, было построено общее количество малых РНК размером 26–28 нуклеотидов, которые картируются на каждой цепи (левый график), или количество различных 26–28 нуклеотидов. малые РНК, которые соответствуют каждой цепи, были нанесены на график (правый график). Значения корреляции Пирсона R 0,9Было получено 1 для всех прочтений и 0,94 для отдельных прочтений. Это указывает на сильную корреляцию продукции малых РНК из одной цепи нанохромосомы с продукцией малых РНК из другой цепи нанохромосомы. Красные изогнутые линии представляют собой 2 стандартных отклонения от среднего значения; Ожидается, что 95% точек попадут в эти области, если существует корреляция один к одному между количеством малых РНК размером 26–28 нуклеотидов, выровненных с каждой нитью нанохромосомы (тонкая черная линия вдоль главной диагонали). Синяя пунктирная линия указывает фактические строки, в которых 95% точек данных падают. Б . Существует неравномерное распределение расположения малых РНК на нанохромосомах. Для каждой позиции в каждой полной нанохромосоме определяли количество малых РНК размером 26–28 нуклеотидов, которые начинаются в этой позиции в библиотеке секвенирования mat24_06. Затем мы определили среднее значение и стандартное отклонение плотности покрытия нанохромосомы. Коэффициент вариации (стандартное отклонение покрытия, деленное на среднее значение покрытия) нанесен для каждой нанохромосомы на гистограмме. Пик коэффициента вариации около 6,0 указывает на то, что стандартное отклонение в 6,0 раз превышает среднее значение. Это свидетельствует о неравномерном распределении покрытия малых РНК на нанохромосомах.

Рисунок 11. Первые 30 нт из…

Рисунок 11. Первые 30 нуклеотидов нанохромосом проксимальнее теломер имеют >8-кратное…

Рисунок 11. Первые 30 нуклеотидов нанохромосом, проксимальных к теломерам, имеют более чем в 8 раз более низкое покрытие малыми РНК размером 26–28 нуклеотидов по сравнению с остальной частью нанохромосомы.

На верхнем рисунке показана нанохромосома (прямоугольник) с последовательностью теломер длиной 20 нуклеотидов, выделенная серой тенью. Малые РНК длиной 27 нуклеотидов для плюсовой цепи нанохромосомы обозначены стрелками над нанохромосомой. Средняя плотность расположения 5′-концов выравнивающих плюс цепь РНК размером 26–28 н. определялась по 500 позициям (в 20 бинах по 25 п. ) и 3′ (слева, отрицательные значения) концов 10 002 полных нанохромосом. Эти плотности были построены относительно равномерного распределения выровненных РНК из 26–28 нт по тем же наборам из 500 позиций на тех же нанохромосомах. Пунктирная линия на расстоянии 20 нуклеотидов от любого конца включена по обе стороны от нулевой точки, чтобы указать среднюю длину теломер 20 нуклеотидов в последовательностях нанохромосом, для которых были нанесены эти данные. Заштрихованная серая область шириной 27 нуклеотидов включена в график с 3′-конца нанохромосомы, потому что считывания с выравниванием плюс-цепи будут иметь 27 нуклеотидов последовательности между нанесенными на график 5′-концом и 3′-концом нанохромосомы. Когда этим же методом были проанализированы чтения с выравниванием минус-цепи, был получен график зеркального отображения, который в остальном идентичен графику для чтения плюс-концев (не показан).

См. это изображение и информацию об авторских правах в PMC

Похожие статьи

• Макроядерный геном Oxytricha trifallax: сложный эукариотический геном с 16 000 крошечных хромосом.

  Swart EC, Bracht JR, Magrini V, Minx P, Chen X, Zhou Y, Khurana JS, Goldman AD, Nowacki M, Schotanus K, Jung S, Fulton RS, Ly A, McGrath S, Haub K, Wiggins JL, Стортон Д., Матезе Дж. К., Парсонс Л., Чанг В. Дж., Боуэн М. С., Стовер Н. А., Джонс Т. А., Эдди С. Р., Херрик Г. А., Доак Т. Г., Уилсон Р. К., Мардис Э. Р., Ландвебер Л. Ф. Сварт ЕС и др. PLoS биол. 2013;11(1):e1001473. doi: 10.1371/journal.pbio.1001473. Epub 2013 Янв 29. PLoS биол. 2013. PMID: 23382650 Бесплатная статья ЧВК.

• Использование нанохромосом Oxytricha trifallax для скрининга некодирующих генов РНК.

  Jung S, Swart EC, Minx PJ, Magrini V, Mardis ER, Landweber LF, Eddy SR. Юнг С. и др. Нуклеиновые Кислоты Res. 1 сентября 2011 г .; 39 (17): 7529-47. doi: 10.1093/нар/гкр501. Epub 2011 28 июня. Нуклеиновые Кислоты Res. 2011. PMID: 21715380 Бесплатная статья ЧВК.

• Преимущественная экспрессия множества функционально и эволюционно разнообразных ДНК и РНК-связывающих белков во время макронуклеарного развития Oxytricha trifallax.

  Ниб З.Т., Хоган Д.Дж., Кацман С., Захлер А.М. Ниб З.Т. и др. ПЛОС Один. 16 февраля 2017 г .; 12 (2): e0170870. doi: 10.1371/journal.pone.0170870. Электронная коллекция 2017. ПЛОС Один. 2017. PMID: 28207760 Бесплатная статья ЧВК.

• Происхождение, структура и функция миллионов хромосом, присутствующих в макронуклеусе одноклеточной эукариотической инфузории Oxytricha trifallax: модельный организм для трансгенерационно запрограммированных перестроек генома.

  Кумар С., Кумари Р. Кумар С. и др. Дж. Жене. 2015 июнь; 94 (2): 171-6. doi: 10.1007/s12041-015-0504-2. Дж. Жене. 2015. PMID: 26174664 Обзор. Аннотация недоступна.

• РНК-направленная эпигенетическая регуляция перестроек ДНК.

  Мочизуки К. Мочизуки К. Очерки биохим. 2010 Сентябрь 20; 48 (1): 89-100. doi: 10.1042/bse0480089. Очерки биохим. 2010. PMID: 20822488 Бесплатная статья ЧВК. Обзор.

Посмотреть все похожие статьи

Цитируется

• Инвазия клещами компенсируется редактированием генома в геноме зародышевой линии инфузории Blepharisma .

  Сих БКБ, Сингх М., Эммерих С., Сингх А., Вёле С., Хюттель Б., Байерли А., Стовер Н.А., Сугиура М., Харумото Т., Сварт Э.К. Сих БКБ и др. Proc Natl Acad Sci U S A. 2023 24 января; 120 (4): e2213985120. doi: 10.1073/pnas.2213985120. Epub 2023 20 января. Proc Natl Acad Sci U S A. 2023. PMID: 36669106 Бесплатная статья ЧВК.

• Идентификация новых, функциональных, длинных некодирующих РНК, участвующих в запрограммированных крупномасштабных перестройках генома.

  Bechara ST, Kabbani LES, Maurer-Alcalá XX, Nowacki M. Бечара С.Т. и др. РНК. 2022 авг; 28(8):1110-1127. doi: 10.1261/РНК.079134.122. Epub 2022 9 июня. РНК. 2022. PMID: 35680167 Бесплатная статья ЧВК.

• Роль малых некодирующих РНК в репарации двухцепочечных разрывов ДНК.

  Жешутек И., Бетлей Г. Жезутек И. и др. Int J Mol Sci. 2020 28 октября; 21 (21): 8039. дои: 10.3390/ijms21218039. Int J Mol Sci. 2020. PMID: 33126669 Бесплатная статья ЧВК. Обзор.

• Роли некодирующих РНК в архитектуре генома инфузорий.

  Аллен С.Е., Новацки М. Аллен С.Э. и др. Дж Мол Биол. 2020 10 июля; 432 (15): 4186-4198. doi: 10.1016/j.jmb.2019.12.042. Epub 2020 10 января. Дж Мол Биол. 2020. PMID: 31926952 Бесплатная статья ЧВК. Обзор.

• Биогенез основных регуляторных 27 нт-РНК развития у Stylonychia -Может ли кодирующая РНК превратиться в некодирующую?

  Постберг Дж., Вейл П.П., Пембаур А. Постберг Дж. и др. Гены (Базель). 201918 ноября; 10 (11): 940. doi: 10.3390/genes10110940. Гены (Базель). 2019. PMID: 31752243 Бесплатная статья ЧВК. Обзор.

Просмотреть все статьи «Цитируется по»

Рекомендации

1. 1. Prescott DM (2000) Геномная гимнастика: уникальные способы эволюции и обработки ДНК у инфузорий. Нат Рев Генет 1: 191–198. — пабмед
2. 1. Ян С. Л., Клобучер Л.А. (2002)Ремоделирование генома у реснитчатых простейших. Annu Rev Microbiol 56: 489–520. — пабмед
3. 1. Nowacki M, Landweber LF (2009)Эпигенетическое наследование у инфузорий. Curr Opin Microbiol 12: 638–643. — ЧВК — пабмед
4. 1. Чалкер Д.Л., Яо М.К. (2011)Элиминация ДНК у инфузорий: одомашнивание транспозонов и наблюдение за геномом.