Ученые составили базу данных раковинных амеб и выяснили их экологические предпочтения
Ученые МГУ в составе международного коллектива выяснили, что могут рассказать амебы — микроскопические одноклеточные организмы — про историю Земли, проанализировав состав населения амеб и количественные данные по уровню грунтовых вод и влажности их местообитаний в болотах Европы. Результаты исследования опубликованы в высокорейтинговом журнале Quaternary Science Reviews.
Ученые МГУ и Пензенского государственного университета в составе группы исследователей из университетов Великобритании, Канады, Швейцарии и Польши опубликовали результаты более чем двадцатилетней работы по экологии раковинных амеб.
Раковинные амебы — микроскопические одноклеточные организмы. Они в изобилии встречаются во всех водно-болотных угодьях и торфяниках. Как все живые организмы, раковинные амебы (и видовой состав их населения) зависят от экологических условий среды, в первую очередь, от влажности и уровня грунтовых вод.
«После отмирания амеб остаются раковинки, строение которых говорит об экологических условиях формирования болотных отложений за последние тысячи и десятки тысяч лет, о климатических изменениях на территории Европы за эти сроки и хозяйственном использовании территорий, на которых болота образовались. Известно, что в торфах хорошо сохраняются как останки животных, так и отмершие растения, что нередко приводит к образованию многометровых торфяных отложений. Поэтому торф — это не только источник топлива с многовековой историей его использования, но и своеобразная память об экологических и климатических условиях давно прошедших эпох», — рассказывает профессор кафедры географии почв факультета почвоведения МГУ имени М.В.Ломоносова Анатолий Бобров, один из авторов статьи.
Часто под экологией понимают те или иные типы местообитаний, в которых живут организмы. В последние десятилетия все большее значение приобретают исследования, имеющие отношение к количественной экологии, то есть экологии с количественной оценкой характеристик среды обитания.
Результатом работы было составление базы данных о современных сообществах раковинных амеб и их экологических предпочтениях. Основой для этого послужили состав населения амеб и количественные данные по уровню грунтовых вод и влажности местообитаний в болотах Европы по опубликованным и неопубликованным данным в 1799 образцах с широким географическим ареалом, охватывающим 18 стран. Были составлены статистические модели, позволяющие с высокой степенью достоверности восстанавливать особенности климата в разных регионах Европы в разное историческое время и имеющие важное прогностическое значение. Определено направление будущих исследований и проверка предлагаемых математических моделей.
«В традиционной схеме знаний «прошлое — настоящее — будущее» важнейшее значение приобретает знание о настоящем. Предлагаемые модели помогут оценить влияние возможных климатических изменений на состояние почвенной влаги, их последствия для сельского хозяйства и на доступность питьевой воды в Европе в ближайшие сотни лет», — утверждает Анатолий Бобров.
Рассказать об открытии можно, заполнив следующую форму.
Сообщества раковинных амеб (Rhizopoda, Testaceafilosea, Testacealobosea) в болотных местообитаниях после воздействия пожаров (юг Западной Сибири)
Список литературы1. Gongalsky K.B., Persson T. Recovery of soil macrofayna after wildfires in boreal forests // Soil biology and biochemistry. 2013. Vol. 57. P. 182-191.
2. Ахметьева Н.П., Белова С.Э., Джамалов Р.Г., Куличевская И.С., Лапина Е.Е., Михайлова А.В. Естественное восстановление болот после пожаров // Водные ресурсы. 2014. Т. 41, № 4. С. 343-354.
3. Гонгальский К.Б. Лесные пожары и почвенная фауна. М. : Товарищество научных изданий КМК, 2014. 169 с.
4. Андриевский В.С., Якутин М.В. Пирогенная трансформация компонентов деструкционного блока северотаежных почв Западной Сибири на примере почвенных панцирных клещей (Oribatida) и микроорганизмов // Евразиатский энтомологический журнал. 2015. Т. 14, № 5. С. 468-474.
5. Данилова О.В., Белова С.Э., Куличевская И.С., Дедыш С.Н. Снижение активности и изменение структуры метанотрофного сообщества верхового болота в результате пожара // Микробиология. 2015. Т. 84, № 5. С. 546-552.
6. Zaitsev A.S., Gongalsky K.B., Malmstroem A., Persson T., Bengtsson J. Why are forest fires generally neglected in soil fauna research? A mini-review // Applied soil ecology. 2016. № 98. P. 261-271.
7. Certini G. Effects of fire on properties of forest soils: a review // Oecologia. 2005. № 143. P. 1-10.
8. Количественные методы в почвенной зоологии / отв. ред. М.С. Гиляров, Б.Р. Стриганова. М. : Наука, 1987. 288 с.
9. Бобров А.А. К понятию микроареала у почвенных раковинных амеб (Protozoa: Testacea) // Известия РАН. Серия биологическая. 2003. № 1. С. 101-109.
10. Turner T.E., Swindles G.T. Ecology of testate amoebae in moorland with a complex fire history: implications for ecosystem monitoring and sustainable land management // Protist. 2012. Vol. 163. P. 844-855.
11. Wanner M. Immediate effects of prescribed burning on terrestrial testate amoebae in a continental Calluna heathland // Ecological Engineering. 2012. Vol. 42. P. 101-106.
12. Mitchell E.A.D., Charman D.J., Warner B.G. Testate amoebae analysis in ecological and paleoecological studies of wetlands: past, present and future // Biodivers Conserv. 2008. № 17. P. 2115-2137.
13. Вомперский С.Э., Глухова Т.В., Смагина М.В., Ковалев А.Г. Условия и последствия пожаров в сосняках на осушенных болотах // Лесоведение. 2007. № 6. С. 35-44.
14. Копотева Т.А., Купцова В.А. Влияние пожаров на функционирование фитоценозов торфяных болот Среднеамурской низменности // Экология. 2016. № 1. С. 14-21.
15. KucerovaA., RectorisL., Stechova T., BastlM. Disturbances on a wooded raised bog — how windthrow, bark beetle and fire affect vegetation and soil water quality? // Folia Geobot. 2008. № 43. P. 49-67.
16. Ефремова Т.Т., Ефремов С.П. Торфяные пожары как экологический фактор развития лесоболотных экосистем // Экология. 1994. № 5. С. 27-34.
17. Наумов А.В., Косых Н.П., ПаршинаЕ.К., Артымук С.Ю. Верховые болота лесостепной зоны, их состояние и мониторинг // Сибирский экологический журнал. 2009. № 2. С. 251-259.
18. Валуцкий В.И. Растительность лесостепных рямов в Восточной Барабе // Turczaninowia. 2011. № 14(1). С. 109-119.
19. Болотные системы Западной Сибири и их природоохранное значение / О.Л. Лисс [и др.] ; отв. ред. В.Б. Куваев. Тула : Гриф и К, 2001. 584 с.
20. Мохов И.И., Чернокульский А.В. Региональные модельные оценки риска лесных пожаров в азиатской части России при изменениях климата // География и природные ресурсы. 2010. № 2. С. 120-126.
21. Малышева Е.А., Цыганов А.Н., Бабешко К.В., Новенко Е.Ю., Мазей Ю.А. Видовой состав и структура сообществ сфагнобионтных раковинных амеб в болотных экосистемах Мордовского государственного природного заповедника // Труды Мордовского государственного природного заповедника им. П.Г. Смидовича. 2014. Вып. 12. С. 330-336.
22. Wanner M., Xylander W.E.R. Transient fires useful for habitat-management do not affect soil microfauna (Testate amoebae) — a study on an active military training area in eastern Germany // Ecol. Engineer. 2003. Vol. 20. P. 113-119.
23. БазановВ.А., ЕгоровБ.А., ЛьготинВ.А., Скугарев А.А. Современная пространственная динамика Большого Васюганского болота (на примере междуречья рек Икса-Шегарка) // Большое Васюганское болото. Современное состояние и процессы развития / под ред. М.В. Кабанова. Томск : Изд-во ИОА СО РАН, 2002. С. 190-196.
24. Мазей Ю.А., Блинохватова Ю.В., Ембулаева Е.А. Особенности микропространственного распределения почвообитающих раковинных амеб в лесах Среднего Поволжья // Аридные экосистемы. 2011. Т. 17, № 46. С. 37-46.
25. Гельцер Ю.Г., Корганова Г.А., Алексеев Д.А. Практическое руководство по идентификации почвенных тестаций. М. : Изд-во Московского университета, 1985. 84 с.
26. Мазей Ю.А., Цыганов А.Н. Пресноводные раковинные амебы. М. : Товарищество научных изданий КМК, 2006. 300 с.
27. Magurran A.E. Measuring biological diversity. Blackwell Publisching, 2004. 256 p.
28. Cazzolla Gatti R. Biodiversita, in teoria e in pratica. Libreria Universitaria Edizioni, 2014. 358 p.
29. Colwell R. K. Estimates: Statistical estimation of species richness and shared species from samples. Version 9. 2013. User’s Guide and application published at: http://purl.oclc.org/ estimates.
30. Курьина И.В. Экология раковинных амеб олиготрофных болот южной тайги Западной Сибири как индикаторов водного режима // Известия ПГПУ им. В.Г. Белинского. 2011. № 25. С. 368-375.
31. Бобров А.А., Чармен Д., Уорнер Б. Экология раковинных амеб олиготрофных болот (особенности экологии политипических и полиморфных видов) // Известия РАН. Серия биологическая. 2002. № 6. С. 738-751.
32. Heal O.W. The distribution of testate amoeba (Rhizopoda: Testacea) in some fens and bogs in Northern England // J. Linn. Soc. Zool. 1961. Vol. 44. P. 369-382.
33. Курьина И.В. Раковинные амебы олиготрофных болот Западной Сибири : дис.. канд. биол. наук. Томск, 2012. 204 с.
34. Chardez D. Ecologie generale des Thecamoebiens // Bulletin de l’lnstitut Agronomique et des Stations de Recherche de Gembloux. 1965. Vol. 33. P. 307-341.
35. Корганова Г.А. Структура сообществ раковинных амеб (Protozoa, Testacea) в разных средах обитания и адаптивные особенности почвенных форм // Известия РАН. Серия биологическая. 1991. № 3. С. 410-420.
36. Булатова У.А. Фауна и экология раковинных амеб (Rhizopoda, Testacea) сосновых лесов Томской и Кемеровской областей // Вестник Томского государственного университета. Биология. 2010. № 2 (10). С. 58-67.
37. Курьина И.В., Прейс Ю.И., Бобров А.А. Раковинные амебы болотных местообитаний средней тайги Западной Сибири // Известия РАН. Серия биологическая. 2010. № 4. С. 423-429.
38. Opravilova V., Hajek M. The variation of testacean assemblages (Rhizopoda) along the complete base-richness gradient in fens: a case study from the Western Carpathians // Acta protozoologica. 2006. Vol. 45. P. 191-204.
39. Lamentowicz L., Gabka M., Rusinska A., Sobczynski T., Owsianny P.M., Lamentowicz M. Testate amoeba (Arcellinida, Euglyphida) ecology along a poor-rich gradient in fens of Western Poland // Internat. Rev. Hydrobiol. 2011. Vol. 96, № 4. P. 356-380.
40. Harnisch O. Rhizopodenanalyse der Moore // Biologisches Zentralblatt. 1948. № 67. S. 551-562.
41. Booth R.K. Testate amoebae as paleoindicators of surface-moisture changes on Michigan peatlands: modern ecology and hydrological calibration // Journal of Paleolimnology. 2002. № 28. P. 329-348.
42. Woodland W.A., Charman D.J., Sims P.C. Quantitative estimates of water tables and soil moisture in Holocene peatlands from testate amoebae // The Holocene. 1998. № 8. P. 261273.
В сфагновых болотах Японии обитает 45 видов раковинных амёб
Сотрудники факультета почвоведения и биологического факультета МГУ имени М.В. Ломоносова в составе международного коллектива выяснили, какие виды раковинных амеб населяют сфагновые местообитания. Эта группа простейших имеет большое значение в круговороте веществ. Результаты работы опубликованы в журнале Acta Protozoologica.
Раковинные амебы — это простейшие, которые передвигаются и воспринимают пищу при помощи специальных выростов — псевдоподий. Только в отличие от амёб, знакомых со школьной программы, тело раковинных оснащено небольшой раковинной, откуда выходят их ложноножки. Раковинные амёбы обитают во влажной среде, в том числе в почвах, лужах, озёрах, океанах, а также в сфагновых болотах, которые исследовали учёные на Японских островах.
«Это первая публикация о сообществах одной из групп простейших Protozoa — раковинных амеб, которые населяют сфагновые территории на выходах горных пород острова Хонсю», — рассказал один из авторов статьи Анатолий Бобров, доктор биологических наук, профессор кафедры географии почв факультета почвоведения МГУ.
В ходе исследования ученые выявили, что на покрытой мхом сфагнумом территории с низким содержанием питательных веществ и кислой средой встречается 45 видов раковинных амёб, принадлежащих к 21 роду из 15 семейств. Чтобы выяснить это, авторы отбирали пробы мха сфагнума на склонах низкогорья и исследовали пробы на световом биологическом микроскопе.
«Наше исследование — это следующий шаг на пути к лучшему пониманию мировой биогеографии раковинных амеб как одной из важнейших групп одноклеточных животных в балансе углерода и азота в лесных экосистемах. Также мы лучше будем понимать формирование населения простейших Японии»,
Авторы отмечают, что исследования продолжаются несколько лет и уже привели к выявлению более чем 350 видов этой группы простейших.
Работа проходила в сотрудничестве с учеными из Университета Хосэй (Япония), Бранденбургского технического университета Котбус-Зенфтенберг (Германия), Университета имени Адама Мицкевича в Познани (Польша) и из музея озера Бива (Япония).
Методика обогащающего культивирования и выделения клонов голых лобозных амеб из природных водных сообществ (качественные пробы)
1. Образец донного грунта и/или воды из водного экотопа отбирают в стерильную посуду и как можно скорее транспортируют в лабораторию.
2. Для выделения микроорганизмов подготавливают необходимое количество флаконов для культивирования объемом 50 мл и/или чашек Петри диаметром 90 мм. Следует учитывать, что в силу высокого уровня пространственной микрогетерогенностидонных местообитаний увеличение объема высеваемого грунта позволит охватить больше имеющихся в данном экотопемикрониш, вследствие чего увеличить фракцию видов, обнаруживаемых этим методом (в случае, если задача исследования подразумевает наиболее полный охват состава данного сообщества).
3. Сосуды для изоляции заполняют на 1/3-1/2 объема стерилизованной при помощи фильтрации через фильтр с диаметром пор 0.2 мкм водой из изучаемого местообитания, минеральной средой Прескотта-Джеймса или искусственной морской водой. В качестве источника органики в среду, как правило, добавляют зерна риса, пшеницы или отвар церофила (0.025%).
4. В подготовленные сосуды стерильными инструментами вносят порции грунта из отобранных проб в объемном соотношении 1:200-1:100 (0.1-0.2 мл грунта на 20 мл жидкой среды). Грунт следует вносить таким образом, чтобы он концентрировался на ограниченном участке дна культурального сосуда, оставляя существенную часть поверхности дна свободной.
5. Высевы инкубируют при стабильной температуре и разных режимах освещенности, в зависимости от задач исследования.
6. В течение 1-8 недель после высева высеянные пробы просматривают при помощи бинокулярных и инвертированных микроскопов.
7. Обнаруженные клетки выделяют в культуру, для чего их отлавливают оттянутой стеклянной пипеткой и переносят в новые культуральные сосуды со свежей средой, в последующем следя за их ростом.
8. При необходимости амеб клонируют, для чего, промыв культуру в нескольких сменах стерильной среды, клетки отлавливают оттянутой пипеткой по одной и переносят в чашки Петри диаметром 40 или 60 мм со стерильной средой. За ростом клонов и степенью их очистки следят в течение 2-3 недель. Обычно клонирование повторяют дважды. В случае, если доля успешных клонов составляет более 30%, клонирование рекомендуется повторить, поскольку в этом случае велика вероятность, что часть полученных культур содержат потомков нескольких клеток.
9. Выросшие клоны пересевают в чашки Петри диаметром 60 или 90 мм и/или флаконы для культивирования объемом 50 мл.
Литература:
- 1. Page F.C. 1988. A new key to Freshwater and Soil Gymnamoebae. Ambleside, Freshwater Biol. Ass. 122 p.
- 2. Smirnov A.V., Brown S. Guide to the methods of study and identification of soil gymnamoebae. Protistology. 2004. 3 (3), 148-190.
В океане найдены новые загадочные формы жизни
В океане найдены новые загадочные формы жизни. Оказалось, что на большой глубине, в том числе и в знаменитой Марианской впадине, живут гигантские амебы.
Экспедиция проходила в июле 2011 года и включала ту область Тихого океана, где находится Марианская впадина. Специалисты Океанографического института Скриппса Университета Калифорнии в Сан-Диего совместно с инженерами общества National Geographic исследовали впадину с помощью многочисленных зондов, оснащенных цифровыми видеокамерами и подсветкой в видимом и инфракрасном диапазонах. Камеры помещались в шары из толстостенного стекла, способного выдержать гигантское давление огромной толщи воды.
В результате видеопоисков ученым удалось задокументировать существование самых глубоководных ксенофиофоров — гигантских амеб, обитающих только на серьезных глубинах.
Несмотря на то, что ксенофиофоры, как и другие амебы, являются одноклеточными, их размеры достигают 10 см, на порядки больше, чем у их обычных родственников. Обитатели морского дна служат организмами-хозяевами для множества паразитов.
close
100%
Гигантские амебы были найдены в углублении Сирена Марианского желоба, на глубине 10 641 м. До сих пор самые большие глубины, на которых обнаруживались ксенофиофоры, не превышали 7 500 м.
На сегодняшний день ученые полагают, что ксенофиофоры — самые крупные в природе одноклеточные. Однако этим удивительные свойства ксенофиофоров не ограничиваются: они содержат много свинца, урана и ртути — тяжелых металлов, крайне ядовитых для обычных живых клеток.
С их местообитанием связана их высокая устойчивость к низким температурам и высокому давлению, а также привычка к полной темноте.
«Исследование профессора Лизы Левин показало, что эти одноклеточные еще и служат хозяевами для разнообразных многоклеточных организмов. Существование на нашей планете этих гигантских клеток в условиях глубоководных морских желобов открывает невиданные горизонты в исследовании биологического разнообразия, а также расширяет наши знания о биотехнологическом потенциале живых организмов и их способностях в адаптации к жизни в чрезвычайно тяжелых условиях», — отметил Даг Бартлетт, специалист по микробиологии океанов, организовавший экспедицию в Марианскую впадину, слова которого приводит
Ксенофиофоры могут оказаться лишь вершиной айсберга: живой мир на больших глубинах, возможно, гораздо более разнообразен.
Так, камерам удалось зафиксировать и чрезвычайно глубоководных медуз.
Использованные в исследовании зонды — Dropcam — были разработаны и впервые использованы инженерами National Geographic Society Эриком Беркенпасом и Грэхэмом Уильхельмом, которые участвовали в июльской экспедиции.
«Dropcam — это передвижные автономно работающие подводные аппараты, состоящие из видеокамеры высокого разрешения с подсветкой, запечатанные в стеклянном пузыре. Они оптимально подходят для изучения морской жизни на больших глубинах, являясь там «глазами» ученых», — считает один из создателей прибора Эрик Беркенпас.
Камеры привлекают к себе животных особыми приманками: эта технология была разработана в Скриппсе еще в 1960-е годы.
В перспективе ученые планируют научиться ловить глубоководных животных с помощью зондов, чтобы изучать их жизнь в лабораторных аквариумах с высоким давлением, имитирующих родную для них среду Марианского желоба.
«Как один из немногих видов, найденных в глубинах океана, ксенофиофоры стали эмблемой того, что нам несут глубины океана. Эти удивительные гиганты замечательно приспособлены к тяжелейшим условиям среды, но вместе с тем они очень хрупкие и пока мало изучены. Эти и многие другие обитатели глубин нуждаются в нашей защите: деятельность человека проникает все ближе и ближе к океанскому дну», — уверена профессор Левин.
| Аннотация |
Актуальность и цели. Целью работы явилось изучение закономерностей изменения структуры сообществ раковинных амеб в пределах одной катены лесостепного типа и двух катен лесного типа в лесостепной зоне Среднего Поволжья. |
Список литературы |
1. Anderson, O. R. C-biomass of bacteria, fungi, and protozoan communities in arctic tundra soil, including some trophic relationships / O.R. Anderson, K. McGuire//Acta Protozoologica.–2013.–Vol.52(4).–P.217–227. |
Институт почвоведения и агрохимии СО РАН
Наумова Н.Б.
Почвенные микроорганизмы
Сравнительные исследования последовательностей генов рибосомальной РНК малой субъединицы рибосом (16S рРНК у прокариот или 18S рРНК у эукариот) показали, что все жизненные формы на земле принадлежат к 3 основным надцарствам, или в английской литературе доменам – Bacteria, Eucarya и Archaea. На основании анализа этих генов и построения соответствующих филогенетических деревьев было показано, что основное видовое богатство, т.е. число различных видов на Земле, является микробиологическим. При этом почва содержит больше родов и видов бактерий, чем любое другое местообитание.
Археи
Это одноклеточные организмы микроскопических размеров с примитивной организацией ядерных структур. Раньше считали, что археи живут в различных экстремальных местообитаниях (горячих источниках, соленых водоемах и т.п.), или же осуществляют метаногенез в анаэробных местообитаниях (почвах, кишечниках животных), однако в последнее время было выявлено, что археи широко распространены по всем экосистемам планеты и встречаются в почвах всех наземных экосистем, в водных экосистемах и донных отложениях.
Археи – самые древние живые организмы на земле. Несомненно, что их появление и жизнедеятельность сыграли огромную роль в формировании и эволюции биогеосистем планеты.
В почвах археи составляют до 1-3% от видового богатства прокариотического сообщества, т.е. одноклеточных организмов с «простой» организацией ядра клетки. В последнее десятилетие нетермофильные археи были выявлены в самых разнообразных почвах — сельскохозяйственных под посевом сои, риса, торфяниках, в почвах бореальных лесов и пастбищных лугов умеренного пояса и других. В почвах, загрязненных тяжелыми металлами, археи практически исчезают из сообщества.
Бактерии
Это также микроорганизмы с примитивной организацией ядерных структур. Как живые формы, не различимые невооруженным глазом, бактерии были обнаружены в конце 17 века, когда ван Левенгук построил первый микроскоп. Хотя открытие Левенгука вызвало в свое время огромный интерес, за последующие 200 лет исследование бактерий мало продвинулось вперед. В конце 19 века исследованиями Пастера, Фердинанда Кона, Роберта Коха и других было открыто огромное количество бактерий, крайне различных по форме, размерам и функциям.
В среднем размер бактериальной клетки значительно менее 1 мкм (у представителей Veruccomicrobia – 0,1мкм).
Уже по меньшей мере полвека известно, что большая часть интактных бактериальных клеток почвы, по-видимому, не могут расти на стандартных лабораторных средах. Это понимание основано на многочисленных попытках сравнить численность бактерий при прямом микроскопировании с количеством колоний растущих на лабораторных средах, то есть так называемых колониеобразующих единиц (КОЕ).
Таблица. Способность бактерий расти на лабораторных питательных средах (выраженная как процент от числа бактерий, определенного методом посевов, к общему числу бактериальных клеток, подсчитанному микроскопически)
| Местообитание | Культивируемые бактерий, от общего числа |
| Моря и океаны | 0,001–0,1 |
| Пресноводные водоемы | 0,25 |
| Мезотрофные озера | 0,1–1 |
| Незагрязненные воды эстуариев | 0,1–3 |
| Перерабатываемые отходы канализации | 1–15 |
| Осадочные породы | 0,25 |
| Почва | 0,3 |
И в настоящее время вопрос о том, представляют ли те бактерии, которые мы можем выделить в лабораторных условиях, экологически значимые виды типично почвенных бактерий, является исключительно важным. Поэтому таксономическая характеристика почвенных бактерий не была очень популярной темой до 80-х годов.
Наши знания о разнообразии микроорганизмов существенно улучшились за последние 2-3 десятилетия. В основном это произошло благодаря молекулярно-биологическим филогенетическим исследованиям, которые позволяют объективно устанавливать степень родства различных организмов. Филогенетическое дерево, основанное на знаниях о последовательностях генов, является той основой, с помощью которой можно более внятно сформулировать расплывчатую концепцию биоразнообразия.
И хотя еще предстоит уточнить даже общие очертания филогенетического древа прокариот, начинают проявляться общие направления, которые заставляют пересмотреть общие представления о разнообразии прокариот и их распространении в окружающей среде.
За последнее десятилетие число выделяемых бактериальных отделов увеличилось более, чем в 3 раза (до 40), в значительной степени из-за неселективных молекулярно-филогенетических исследований сообществ, выделенных из различных образцов окружающей среды. Эти анализы основывались на 16S рРНК последовательностях, определенных после клонирования выделенной ДНК, или после ее амплификации в ходе ПЦР. Древо филогенетических расстояний было построено при обработке данных о более, чем 8000 последовательностях генов 16S рРНК. Хотя на этом рисунке вы видите всего 36 отделов, уже есть несколько последовательностей, отличающихся от этих, которые вполне возможно будут выделены в отдельные отделы. Т.е. строго говоря, даже сейчас число отделов перевалило за 40. Многие отделы имеют лишь рабочие названия. Большая часть отделов содержат мало, или вовсе не содержат культивируемых представителей.
Еще традиционными методами культивирования было показано, что некоторые бактерии являются космополитами, т.е. очень широко распространены по самым различным биоценозам, в то время как другие бактерии строго ограничены определенным типом местообитание. Молекулярно-экологические методы в принципе подтвердили и расширили это представление.
Например, последовательности некоторые отделов были выявлены в широком спектре различных местообитаний, т.е. их обладатели, по всей видимости, являются космополитами и, что очень важно с точки зрения химической экологии, обладают широким спектром метаболических реакций. Некоторые из таких отделов космополитов были хорошо известны и по традиционным исследованиям, другие же, например, недавно выявленный отдел Acidobacterium, были мало или вообще неизвестны. Например, альфа-группа протеобактерий составляет более 75% всех видов в почве, морских и пресных водоемах, сточных водах, и от 25 до 75% в подпочве, в сильно загрязненных местообитаниях, в геотермальных источниках. Если говорить про почву, то основные ее прокариотические обитатели относятся к протеобактериям актинобактериям, веруккомикробы и ацидобактериям. Но и остальные также представлены.
Грибы
В почве встречаются практически все основные виды грибов – мы ходим по огромному количеству и большому физиологическому и морфологическому разнообразию почвенных грибов. Размеры их варьируют от одноклеточных с сухим весом клетки менее 1* 10-12 грамма, в котором тяжи одного микроорганизма занимают площадь около 15 га и отдельный организм весит 1*107 грамма, т.е. 10 тонн (1992 год, журнал Nature).
Следует заметить, что трудно отделить собственно почвенные грибы от грибов, попадающих туда вместе с надземными частями растений, или компонентов лишайников.
Если в 1980 году было описано 450 видов грибов, то сейчас чуть менее 15 000 видов встречается в почве – это из общего числа в 1,5 млн видов грибов (1991).
Простейшие, нематоды и микроартроподы
Почвенная биота состоит из очень разноообразных и активных ансамблей организмов, регулирующих процессы разложения органического вещества и круговорот питательных элементов и изменяющих физические свойства почвы. Пищевое поведение почвенных беспозвоночных влияет на функционирование бактерий и грибов и регулирует таким образом потоки энергии и питательных элементов в детритных пищевых цепях.
Простейшие. К ним относятся голые амебы (20 мкм), инфузории (30 мкм), жгутиконосцы (10 мкм) и раковинные амебы (тестации, 100 мкм). Простейшие составляют небольшой процент от всей биомассы почвенных беспозвоночных животных, они могут перерабатывать значительное количество поступающего в почву растительного вещества и большую часть биомассы бактерий и грибов. Роль простейших в почвенных экосистемах можно суммировать как 1) регулирование размеров и состава сообществ бактерий и грибов, 2) ускорение оборота биомассы микроорганизмов, органического вещества и питательных элементов и 3) транспорт, т.е. распространение бактерий по новым микрозонам (субстратам).
Количество простейших в почве сильно зависит от состава почвы — в глинистой почве 108, а в суглинистой – 200*109 клеток/м2, соответственно. С глубиной почвы их количество также снижается – от 106 клеток/м2 на глубине 10 см, до всего 100 клеток/м2 на глубине около 1 м. Но они могут жить и на больших глубинах – жизнеспособные клетки обнаруживали на глубине 7 м от поверхности. Размеры их популяций сильно варьируют.
Нематоды. Размеры нематоды имеют такие же, как простейшие – 30-100 мкм. По общей биомассы нематоды обычно уступают простейшим. Нематоды играют очень важную роль в минерализации питательных элементов из растительного и почвенного органического вещества: они выделяют больше питательных элементов, чем простейшие. Вклад нематод в общую биомассу больше на песчаных почвах (0,6%), чем суглинистых или глинистых почвах (0,3-0,1% от общей биомассы микроорганизмов). Питаются бактериями и растениями.
Микроартропод имеют сегментированный экзоскелет, подобный насекомым; в почве встречаются коллемболы (до 5 мм) , клещи и протуры. Плотность популяции может быть до 300 000 на м2. До 95% от всех них составляют коллемболы и клещи.
Микроскопические водоросли
Микроскопические водоросли встречаются в тех местах на поверхности почвы, куда попадает достаточно световой энергии для осуществления фотосинтеза. В некоторых почвах водорослевые пленки являются основными поставщиками органического вещества в почву. Вокруг них формируются консорциумы микроорганизмов, потребляющих синтезированное ими органическое вещество.
Вирусы
По некоторым оценкам, общее число бактерий на планете составляет порядка 1030, и по меньшей мере столько же насчитывается вирусов (бактериофагов), атакующих бактерии. В почве влияние вирусов на численность и состав прокариотического сообщества практически мало изучены. Однако вполне возможно, что паразитическая деятельность вирусов может иметь важное значение для многих опосредуемых почвенными бактериями процессов биогеохимических циклов и, таким образом, в целом иметь глобальное значение (см. разделы про донные отложения и водные экосистемы). Фаги являются также очень важным инструментом переноса генетического материала, и предсказание их поведение в естественных экосистемах очень важно.
Полная информация о систематическом положении, привычке, среде обитания и морфологии амебы
Амеба — простейший и примитивный протист, который может выполнять все жизненно важные действия, такие как движение, питание, пищеварение и т. Д. В одной клетке. Следовательно, он считается клеточным животным. Впервые ее открыл фон Розель Росинхоф в 1755 году. Амеба означает изменение формы.
Систематическая позиция:
Королевство — Протиста
Тип — Protzoa
Подтип — Саркомастигофора
Класс— Sarcodina / Rhizopoda
Среда обитания:
Amoeba proteus обитает в пресноводных прудах, бассейнах, канавах, ручьях и т. Д.
Морфология:
Амеоба — одноклеточный микроскопический протиста. Он прозрачный и бесцветный. Его форма неправильная из-за наличия пальцевидных отростков, называемых псевдоподиями. Когда все псевдоподии удалены, он становится шаровидным. Размер варьируется от 0,2 мм до 0,5 мм в диаметре. Тело клетки покрыто тонкой плазматической мембраной, называемой плазмалеммой. Эта плазмалемма ограничивает цитоплазму.
Цитоплазма разделяется на внешнюю эктоплазму и внутреннюю эндоплазму.Эндоплазма находится в двух коллоидных состояниях. Периферическое гелеобразное состояние называется плазмогелем, а центральное текучее состояние или состояние золя — плазмсолом. Плазмсоль можно превратить в плазмагель и наоборот. Эндоплазма содержит ряд структур, таких как ядро, сократительная вакуоль, пищевая вакуоль, водная вакуоль, эндоплазматический ретикулум, тельца Гольджи, лизосома, рибосома, митохондрии и т. Д. Сократительная вакуоль представляет собой пульсирующую сферическую структуру, заполненную жидкостью, ограниченную вакуолярной мембраной.
Через определенные промежутки времени он перемещается на поверхность, где сжимается и сбрасывает излишки воды, солей и отходов в окружающую водную среду. Следовательно, он выполняет осморегулирующую функцию. Пищевые вакуоли желудочных вакуолей являются участками внутриклеточного пищеварения. Псевдоподии — это временные выступы цитоплазмы, которые помогают захватывать пищу и передвигаться. Амеба размножается бесполым путем двойного и множественного деления.
Место обитания и среда обитания амебы
Встречается на мелководье на глубине до 90 м, где губки получают много пищи и хорошо насыщенную кислородом воду.Амебы не образуют единой таксономической группы; вместо этого они встречаются во всех основных линиях эукариотических организмов. В дождливый период нить спирогиры приобретает зеленый цвет в стоячей воде. Они живут в норах, которые в сезон дождей залиты водой; они покидают норы и ползают по влажной поверхности почвы, чтобы дышать на воздухе. МИКОЛОГИЯ ОБИТАНИЯ И ОБИТАНИЯ Автор Saajida Sultaana Mahusook 2. Амеба: Amoeba proteus — это Известно несколько видов амеб, наиболее распространена и известна Amoeba proteus (Gr, amoib = изменение).Другими распространенными видами являются .Aradiosa, A discoides и A verrucosa. В слабом электрическом токе он движется к отрицательному полюсу (катоду) и, таким образом, избегает положительного полюса (анода). Таким образом, на смену материнскому телу приходит дочерняя Амеба. Ответы или налоги Amoeba Proteus представляют собой раннее начало чувствительности у животных. Киста — это стадия покоя, и она защищает животное. Предпочитает сухую или влажную почву, хорошо переносит засуху. Амеба: Амеба… микро среда обитания — среда обитания очень маленьких существ, таких как мокрицы.В какой среде обитает амеба, по-гречески или по-латыни, и что такое микро-среда обитания водорослей? Эктоплазма имеет ряд заметных продольных гребней. Привычка и среда обитания — Продолжительность: 7:32. nep education Рекомендуем вам. Переваривание пищи происходит внутри пищевой вакуоли. живые существа. в какой среде обитает амеба по-гречески или по-латыни и в чем. пруд, река и другие бассейны с пресной водой. Множественное деление кисты описано, но не установлено, согласно современным представлениям, в кисте не происходит множественного деления, фактически происходит только образование кисты.Очень интересной особенностью бинарного деления, наблюдаемой при делении ядра, является существование мультиполярного ядерного веретена в метафазе, которое сводится к трехполюсному ядерному веретену на стадии середины анафазы и, наконец, сводится к униполярному ядерному веретену на стадии средней анафазы. конец поздней анафазы. Такое ядро называется массивным или зернистым ядром. Простейшие считаются подчиненным царством королевства Протиста, хотя в классической системе они были помещены в царство Animalia. 3.Свидетельства в пользу того, что амеба подвергается делению ядра в инцистированном состоянии, очень редки. Псевдоподии становятся толстыми и грубыми. Que. животное. Согласно Рамблеру (1930), прием внутрь амебы происходит по-разному, в зависимости от природы пищи. Естественная среда обитания. Метаболические процессы, демонстрируемые амебой (рис. Сравнение между различными видами Entamoeba 17. Возможный ответ кроссворда представлен 4 буквами. Это ответы, первая буква которых начинается с D и находится в конце T.Этот метод заглатывания используется для поимки живой добычи. Entamoeba histolytica — это микроскопический эндопаразит простейших у человека, который обычно обнаруживается в просвете верхней части верхнего отдела кишечника. Есть ли в эукариотических клетках эндонуклеазы рестрикции? Например, чашка для еды сравнима с ротовой полостью, пищевая вакуоль с кишечником, псевдоподии с ногами, сократительная вакуоль с мочевым пузырем и т. Д. Сюда входят дрожжи, плесень, грибы, клубочки, плесень и т. Д. Привычка и среда обитания: малярийные паразиты человека живут как внутриклеточные паразиты.Привычка и среда обитания 4. Когда электрический ток проходит через воду, содержащую амебу, она перестает двигаться, удаляет псевдоподии и становится шаровидным. Таким образом, вероятно, что основная функция сократительной вакуоли — регулирование содержания воды в амебе. Проверьте, есть ли у вас доступ через личный или институциональный вход. Позже пиносомы транспортируются внутрь клетки, где они сливаются с лизосомами. Доктор Борис Хабит, обычно называемый «Плантатор плетеной корзины Dr. Habitat Bia — черный и коричневый».Habitat Zed Высокий черный горшок для растений с веретенообразными ножками. Создавая пальцевидные псевдоподии, они двигаются и принимают пищу. Привычка и среда обитания. ПРИРОДНАЯ СРЕДА ОБИТАНИЯ И РАСПРОСТРАНЕНИЕ HART-MANNELLA CASTELLANII (DOUGLAS), ЗАЯВЛЕННОГО КОНТАМИНАНТА БАКТЕРИАЛЬНЫХ КУЛЬТУР * РЕДГИНАЛ ХЬЮИТТ Кастеллани (I930) описал амебу, которая была обнаружена им в смешанной культуре Cryptococcus pararoseus и бактерий. Предполагается, что внешний слой плазменной леммы содержит мукопротеин. Амеба удаляется от яркого света и может несколько раз менять свое направление, чтобы избежать его, но может положительно отреагировать на слабый свет.Ядро выглядит как двояковогнутый диск у молодых особей, но у более старых экземпляров оно часто складчато и извилисто. Многие виды радиолярий населяют массы океанской воды и занимают фаунистические ниши или биографические зоны, сопоставимые с другим зоопланктоном. Виды радиолярий неподвижны; они дрейфуют по водным течениям, в то время как эти течения разделяют океан на более тонкие экологические области. У большинства участников есть ракушки. пруд, река и другие бассейны с пресной водой. Нуклеоплазма содержит несколько ядрышек и большое количество хромосом.Член этого типа показывает большое разнообразие структурной организации, привычки и среды обитания. Протоплазма, попадающая в псевдоподии, естественным образом удаляется из других частей, так что животное меняет не только форму тела, но и свое положение; таким образом, псевдоподии вызывают изменение формы и положения животного. Amoeba proteus не питается диатомовыми водорослями, как часто утверждают. Обитание и среда обитания: Многие из них часто рассматриваются как виды амеб, обитающих в почве, а также в пресноводных экосистемах с сильно насыщенной кислородом пресной водой, содержащей множество водорослей и растений.Это морские пехотинцы, некоторые из них встречаются в холмистой местности, в лесу или на равнине. Моллюски — одна из самых разнообразных групп животных на планете, насчитывающая не менее 50 000 видов живых существ. Амеба — отличный пример протозоа из Подцарства, Обычно они не остаются на земле ночью. Fish Senses, встроенный в радар. Дождевые черви живут во влажной почве, богатой мертвым органическим веществом или перегноем. Стенки пищевой вакуоли состоят из эктоплазмы, которая становится внутренней и переходит в эндоплазму.Амебиаз чаще всего встречается у людей, живущих в тропиках с плохой санитарией. ; Это водное животное, обитающее в пресноводных бассейнах, таких как пруды, канавы, стоки, резервуары и реки. Амеба встречается по всему миру. (13), за исключением несколько большей длины конидиума, хорошо применяет вервь к одной из самых многочисленных и широко распространенных форм, улавливающих нематоды, ранее вымоченных мукой (4,… Бесплатная доставка в США. Среда обитания: толстая кишка и слепая кишка: патогенная стадия: Трофозоит: Щелкните, чтобы увидеть полный ответ.Хотя тело Амебы состоит из Биологическое значение. При температуре около 24 ° C процесс занимает от 20 до 30 минут. Жизненный цикл 11. 3. Обычно они живут в пещерах, где у них есть доступ к воде, безопасные места, чтобы спрятаться от хищников в течение дня, и много еды. Простейшие. Мягкая влажная почва, листья и стебли водных растений или любая твердая поверхность могут служить домом для амебы. Это свободно живущее животное. Экономическое значение амебы обнаруживается в медицине и в переработке питательных веществ. Оно живет в Ответьте по инструкции.Ним любит открытые леса, луга, поймы, прибрежные зоны, прибрежные районы и другую нарушенную естественную растительность. Теперь для начала поместите банку в пруд или неглубокий бассейн, пока она не окажется прямо над илом на дне воды, а затем медленно наклоните банку, чтобы выпустить воздух. Электронно-микроскопические исследования показывают сотовую решетку под двухслойной ядерной оболочкой. Моллюски — одна из самых разнообразных групп животных на планете, насчитывающая не менее 50 000 видов живых существ. что включает в себя почву, воду и многое другое, кроме влажной среды обитания непатогенных амеб? Углекислый газ диффундирует наружу, потому что он всегда находится в более высокой концентрации внутри тела амебы, чем в окружающей воде.Его редко можно найти в свободной воде, так как он требует субстрата, чтобы скользить с места на место. Большинство животных приспособлены к жизни только в одной или двух средах обитания. Его особенно много в органических настоях, то есть в стоячей воде, содержащей разлагающиеся органические вещества, питающихся бактериями и крошечными простейшими, которые роятся в такой воде. Регулирование содержания воды в протоплазме амебы осуществляется сократительной вакуолью. Естественная среда. сходство в среде обитания, привычках и морфологии с известными формами, улавливающими нематод; а описание М.elegans Oud. Amoeba Proteus размножается путем множественного деления при неблагоприятных условиях питания и температуры (то есть при нехватке пищи и повышении и понижении температуры). Amoeba terricola ПРИРОДА И ОБИТАНИЕ :. Привычки и жизненный цикл Считается, что амебы впервые увидели под микроскопом в середине 1700-х годов. Создавая пальцевидные псевдоподии, они двигаются и принимают пищу. Хаос — член филума Sarcodina, состоящего из организмов, подобных амеобам. Sarcodina — гетеротрофы, то есть, для получения энергии они прямо или косвенно полагаются на фотосинтезирующие организмы.На стадии профазы ядро приобретает овальную форму и образуются многочисленные мелкие псевдоподии, расходящиеся во всех направлениях. Автор: Штатный писатель Последнее обновление: 29 марта 2020 г., 9:43:29 по восточному времени. Хромосомы с каждой стороны прикрепляются к волокнам веретена, выходящим из нескольких полюсов, расположенных внутри ядерной мембраны. Каковы общие черты мохообразных? Это сапрофитные грибы, которые растут на мертвом органическом материале. Entamoeba: Entamoeba не имеет митохондрий. Жизненный цикл. Широко встречается во влажной почве в пресноводных водоемах, покрытых мхом, и поблизости от них.В основном населяет реки, каналы, бели, пруды и затопленные поля [9,16]. Entamoeba: Entamoeba живет как внутренние паразиты внутри животных. [2] Поймать Amoeba proteus довольно легко из-за его привлекательности для пшеничных продуктов. Его форма неправильная из-за наличия пальцевидных отростков, называемых псевдоподиями. Среда обитания вороны. Морж не может жить в пустыне. Amoeba proteus предпочитает обитать в чистых водоемах с насыщенной кислородом пресной водой. В этой следующей статье мы сосредоточимся на том, что составляет среду обитания кролика и как сделать ее копию для вашего домашнего кролика.Технически беспозвоночного хозяина можно рассматривать как окончательного хозяина, потому что там происходит половое размножение. Псевдоподии удаляются, животное становится округлым, потоки движений эндоплазмы прекращаются, более крупные гранулы растворяются, а протоплазма становится мелкозернистой, различие между эктоплазмой и эндоплазмой теряется. Энуклеированная амеба может прикрепляться к субстрату и проявлять раздражительность, хотя ее реакция на раздражители изменяется. Исследования показывают, что в мире очень мало мест, где бы они не жили.Поскольку он неблагоприятен для света, он укрывается под чем-нибудь, что дает тень, обычно под лилиями. Если частица углерода прикреплена к пище, животное проглотит пищу и оставит частицу углерода наружу. Их можно найти в лесах, лугах, сельскохозяйственных и сельскохозяйственных угодьях, горах, пустынях, арктических тундрах и скалистых утесах.Рестораны Пикеринг Уорф, Пенсионное жилье Северный Тайнсайд, Богатый дом, Бедный дом, Википедия, Трабахар Репартидор Педидос Я Эквадор, Достижения науки Facebook, Piloswine Soulsilver, Персонажи аниме, родившиеся 26 мая, Electrike Pokémon Go Shiny, Seabrook Nh Beach Access, Заказ Origin Energy Lpg, Продвинутый чародей,
Морские амебы с цитоплазматическими и перинуклеарными симбионтами, глубоко разветвленными в Gammaproteobacteria
Rodríguez-Zaragoza, S.Экология свободноживущих амеб. Крит. Rev. Microbiol. 20, 225–241 (1994).
Артикул Google ученый
Хан, Н. А. Акантамеба: Биология и патогенез. (Horizon Scientific Press, 2009).
Adl, S. M. et al. Пересмотренная классификация эукариот. J. Eukaryot. Microbiol. 59, 429–514 (2012).
Артикул Google ученый
Кавальер-Смит, Т.и другие. Мультигенная филогения разрешает глубокое ветвление амебозоа. Мол. Филогенет. Evol. 2015. Т. 83. С. 293–304.
Артикул Google ученый
Смирнов А.В. в Энциклопедии микробиологии. 558–577 (Elsevier, 2008).
Баркер, Дж. И Браун, М. Р. Троянские кони микробного мира: простейшие и выживание бактериальных патогенов в окружающей среде. Microbiol. Читать. Англ. 140, 1253–1259 (1994).
CAS Статья Google ученый
Гроуб, Г.И Рауль, Д. Микроорганизмы, устойчивые к свободноживущим амебам. Clin. Microbiol. Ред. 17, 413–433 (2004).
Артикул Google ученый
Хорн М. и Вагнер М. Бактериальные эндосимбионты свободноживущих амеб. J. Eukaryot. Microbiol. 51, 509–514 (2004).
Артикул Google ученый
Молмерет, М., Хорн, М., Вагнер, М., Сантич, М. и Абу Квайк, Ю.Амебы как тренировочная площадка для внутриклеточных бактериальных патогенов. Прил. Environ. Microbiol. 71, 20–28 (2005).
CAS Статья Google ученый
Schmitz-Esser, S. et al. Разнообразие бактериальных эндосимбионтов экологических изолятов акантамеб. Прил. Environ. Microbiol. 74, 5822–31 (2008).
CAS Статья Google ученый
Lagkouvardos, I., Шен, Дж. И Хорн, М. Улучшенный метод аксенизации показывает сложность симбиотических ассоциаций между бактериями и акантамебами. Environ. Microbiol. 2014. Т. 6. С. 383–388.
Артикул Google ученый
Pagnier, I. et al. Babela massiliensis , представитель широко распространенного бактериального филума с необычной адаптацией к паразитизму у амеб. Биол. Прямой 10, 1–17 (2015).
CAS Статья Google ученый
Горн, М.Хламидии как симбионты у эукариот. Анну. Rev. Microbiol. 62, 113–31 (2008).
CAS Статья Google ученый
Tosetti, N., Croxatto, A. & Greub, G. Amoebae как инструмент для выделения новых видов бактерий, обнаружения новых факторов вирулентности и изучения взаимодействий между хозяином и патогеном. Microb. Патог. 77. С. 125–130 (2014).
CAS Статья Google ученый
Пиццетти, И., Фази, С., Фукс, Б. М. и Аманн, Р. Высокая численность новых экологических хламидий в прибрежном озере Тирренского моря (Лаго ди Паола, Италия). Environ. Microbiol. Отчет 4. С. 446–452 (2012).
Артикул Google ученый
Дыкова И. и Костка М. Иллюстрированное руководство по сбору культур свободноживущих амеб. (Academia, 2013). в & lt; http://www.muni.cz/research/publications/1091345> Доступ 3 rd июля 2015 г.
Шнайдер, К. А., Расбанд, В. С. и Элисейри, К. В. NIH Image to ImageJ: 25 лет анализа изображений. Nat. Методы 9. 2012. С. 671–675.
CAS Google ученый
Daims, H., Stoecker, K. & Wagner, M. Fluorescence in situ гибридизация для обнаружения прокариот. Мол. Microb. Ecol. 213, 239–239 (2005).
Google ученый
Аманн, Р.& Binder, B. Комбинация олигонуклеотидных зондов, нацеленных на 16S рРНК, с проточной цитометрией для анализа смешанных микробных популяций. Прил. Environ. Microbiol. 56, 1919–25 (1990).
CAS PubMed PubMed Central Google ученый
Daims, H., Brühl, A., Amann, R., Schleifer, KH & Wagner, M. Доменно-специфического зонда EUB338 недостаточно для обнаружения всех бактерий: разработка и оценка более комплексного зонда установленный.Syst. Прил. Microbiol. 22, 434–44 (1999).
CAS Статья Google ученый
Ludwig, W. et al. ARB: программная среда для данных последовательности. Nucleic Acids Res. 32, 1363–1371 (2004).
CAS Статья Google ученый
Loy, A. et al. probeCheck — центральный ресурс для оценки охвата и специфичности олигонуклеотидных зондов. Environ. Microbiol.10, 2894–2898 (2008).
CAS Статья Google ученый
Yilmaz, L. S., Parnerkar, S. & Noguera, D. R. mathFISH, веб-инструмент, который использует основанные на термодинамике математические модели для in silico оценки олигонуклеотидных зондов для флуоресценции in situ гибридизации. Прил. Environ. Microbiol. 77, 1118–1122 (2011).
CAS Статья Google ученый
Медлин, Л., Элвуд, Х. Дж., Стикель, С. и Согин, М. Л. Характеристика ферментативно амплифицированных эукариотических 16S-подобных областей, кодирующих рРНК. Gene 71, 491–499 (1988).
CAS Статья Google ученый
Хиллис, Д. М. и Диксон, М. Т. Рибосомная ДНК: молекулярная эволюция и филогенетический вывод. Q. Rev. Biol. 66, 411–453 (1991).
CAS Статья Google ученый
Юречко, С.и другие. Комбинированный молекулярный и стандартный анализ разнообразия нитрифицирующих бактерий в активном иле: Nitrosococcus mobilis и Nitrospira -подобные бактерии в качестве доминирующих популяций. Прил. Environ. Microbiolgy 64, 3042–3051 (1998).
CAS Google ученый
Лой, А., Ленер, А. и Ли, Н. Олигонуклеотидный микрочип для обнаружения на основе гена 16S рРНК всех известных линий сульфатредуцирующих прокариот в окружающей среде.Прил. Environ. Microbiol. 68, 5064–5081 (2002).
CAS Статья Google ученый
Стаматакис, А. RAxML версия 8: инструмент для филогенетического анализа и постанализа крупных филогений. Биоинформатика 30, 1312–1313 (2014).
CAS Статья Google ученый
Ronquist, F. et al. MrBayes 3.2: эффективный байесовский филогенетический вывод и выбор модели в большом модельном пространстве.Syst. Биол. 61, 539–42 (2012).
Артикул Google ученый
Quast, C. et al. Проект базы данных генов рибосомной РНК SILVA: улучшенная обработка данных и веб-инструменты. Nucleic Acids Res. 41, D590–6 (2013).
CAS Статья Google ученый
Альтшул, С., Гиш, В. и Миллер, В. Базовый инструмент поиска с локальным выравниванием. J. Mol. Биол. 215, 403–410 (1990).
CAS Статья Google ученый
Wheeler, D. L. et al. Ресурсы базы данных Национального центра биотехнологической информации. Nucleic Acids Res. 36, D13–21 (2008).
CAS Статья Google ученый
Лартильо, Н., Лепаж, Т. и Бланкар, С. Филобайес 3: байесовский программный пакет для филогенетической реконструкции и молекулярного датирования.Биоинформа. Oxf. Англ. 25, 2286–2288 (2009).
CAS Статья Google ученый
Прюитт, К. Д., Татусова, Т., Браун, Г. Р. и Маглотт, Д. Р. Справочные последовательности NCBI (RefSeq): текущий статус, новые функции и политика аннотации генома. Nucleic Acids Res. 40, D130 – D135 (2012).
CAS Статья Google ученый
Фароне, А. Л., Берк, С. Г., Фароне, М. Б. и Гандерсон, Дж. Х. Выделение и характеристика естественных устойчивых к амебе бактерий из проб воды. (2010). в & lt; http://cfpub.epa.gov/ncer_abstracts/index.cfm/fuseaction/display.highlight/abstract/8114/report/F> По состоянию на 3 июля 2015 г.
Page, F. C. Тонкая структура некоторых морских штаммов Platyamoeba (Gymnamoebia, Thecamoebidae). Protistologica 16, 605–612 (1980).
Google ученый
Смирнов, А.В., Насонова Э. С., Чао Э. и Кавалье-Смит Т. Филогения, эволюция и систематика амеб ваннеллид. Протист 158, 295–324 (2007).
CAS Статья Google ученый
Пацюк М. Новые виды Gymnamoebae (Gymnamoebia) в фауне Украины. Вестн. Zool. 46, e – 7 – e – 13 (2012).
Артикул Google ученый
Tekle, Y. I. et al. Филогенетическое размещение разнообразных амеб, выведенное из мультигенного анализа и оценки стабильности клады в «амебозоа» после удаления различных классов скорости SSU-рДНК.Мол. Филогенет. Evol. 47, 339–352 (2008).
CAS Статья Google ученый
Лар, Д. Дж. Г., Грант, Дж., Нгуен, Т., Лин, Дж. Х. и Кац, Л. А. Комплексная филогенетическая реконструкция амебозоа на основе конкатенированного анализа генов SSU-рДНК и актина. PloS One 6, e22780 (2011).
CAS ОБЪЯВЛЕНИЯ Статья Google ученый
Корсаро, Д., Пейджерс, Г. С., Каталан, В., Лорет, Ж.-Ф. & Greub, G. Биоразнообразие амеб и связанных с амебами бактерий на водоочистных сооружениях. Int. J. Hyg. Environ. Здоровье 213, 158–166 (2010).
CAS Статья Google ученый
Delafont, V., Brouke, A., Bouchon, D., Moulin, L. & Héchard, Y. Микробиом свободноживущих амеб, выделенных из питьевой воды. Water Res. 47, 6958–6965 (2013).
CAS Статья Google ученый
Валочник, Дж.и другие. Дискриминация между клинически значимыми и нерелевантными штаммами Acanthamoeba , выделенными у пациентов с кератитом, носящих контактные линзы, в Австрии. J. Clin. Microbiol. 38, 3932–3936 (2000).
CAS PubMed PubMed Central Google ученый
Maghsood, A.H. et al. Acanthamoeba генотип Т4 из Великобритании и Ирана и выделение генотипа Т2 из клинических изолятов. J. Med. Microbiol.54, 755–759 (2005).
CAS Статья Google ученый
Fritsche, T. R. et al. In situ обнаружение новых бактериальных эндосимбионтов Acanthamoeba spp. Филогенетически родственны членам отряда Rickettsiales . Прил. Environ. Microbiol. 65, 206–212 (1999).
CAS PubMed PubMed Central Google ученый
Горн, М., Fritsche, T.R., Gautom, R.K., Schleifer, K.-H. И Вагнер М. Новые бактериальные эндосимбионты Acanthamoeba spp. относится к симбионту Paramecium caudatum Caedibacter caryophilus. Environ. Microbiol. 1. С. 357–367 (1999).
CAS Статья Google ученый
Matsuo, J. et al. Выживаемость и способность к переносу филогенетически разнообразных бактериальных эндосимбионтов в экологических изолятах Acanthamoeba .Environ. Microbiol. Отчет 2. С. 524–533 (2010).
CAS Статья Google ученый
Ламот, Ф. и Греб, Г. Патогены амеба как новые возбудители пневмонии. FEMS Microbiol. Ред. 34, 260–280 (2010).
CAS Статья Google ученый
Ла Скола, Б. и Рауль, Д. Выживание Coxiella burnetii в свободноживущей амебе Acanthamoeba castellanii .Clin. Microbiol. Заразить. 7. С. 75–79 (2001).
CAS Статья Google ученый
La Scola, B. et al. Legionella drancourtii sp. nov., строго внутриклеточный амебный патоген. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 54, 699–703 (2004).
CAS Статья Google ученый
Уильямс, К. П. и др. Филогения гаммапротеобактерий. J. Bacteriol.192, 2305–14 (2010).
CAS Статья Google ученый
Cordaux, R. et al. Молекулярная характеристика и эволюция патогенных членистоногих бактерий Rickettsiella . Прил. Environ. Microbiol. 73, 5045–5047 (2007).
CAS Статья Google ученый
Смит, Т. А., Дрисколл, Т., Гиллеспи, Дж. Дж. И Рагхаван, Р. Эндосимбионт, похожий на Coxiella , является потенциальным источником витаминов для клеща-одиночки.Genome Biol. Evol. (2015). 10.1093 / gbe / evv016.
Fujishima, M. & Kodama, Y. Эндосимбионты в Paramecium. Евро. J. Protistol. 48. С. 124–37 (2012).
Артикул Google ученый
Шульц Ф. и Хорн М. Внутриядерные бактерии: внутри клеточного центра управления эукариотами. Trends Cell Biol. 25. С. 339–346 (2015).
CAS Статья Google ученый
Мишель Р., Hauroder, B., Muller, K. и Zoller, L. Окружающий штамм Naegleria , не способный образовывать цисты, оказался местом обитания двух разных видов эндоцитобионтов. Endocytobiosis Cell Res. 118, 115–118 (1999).
Google ученый
Валочник Дж., Мюллер К., Аспок Х. и Мишель Р. Эндоцитобионт, несущий штамм Naegleria , идентифицированный как N. clarki De Jonckheere, 1994. Acta Protozool.44, 301–310 (2005).
CAS Google ученый
Schulz, F. et al. Жизнь в необычной внутриклеточной нише: бактериальный симбионт, заражающий ядро амеб. ISME J. 8, 1634–1644 (2014).
CAS Статья Google ученый
Мацке, А. Дж. М., Вейгер, Т. М. и Мацке, М. Ионные каналы в ядре: электрофизиология встречается с геномом. Мол. Завод 3. С. 642–652 (2010).
CAS Статья Google ученый
Ким, М. К., Чунг, В. С., Юн, Д.-Дж. И Чо, М. Дж. Кальций и кальмодулин-опосредованная регуляция экспрессии генов в растениях. Мол. Завод 2, 13–21 (2009).
CAS Статья Google ученый
Хори, М., Фуджи, К. и Фудзишима, М. Микронуклеус-специфическая бактерия Holospora elegans необратимо усиливает экспрессию стрессового гена хозяина Paramecium caudatum .J. Eukaryot. Microbiol. 55, 515–21 (2008).
CAS Статья Google ученый
Zielinski, F.U. et al. Широкое распространение внутриядерных бактериальных паразитов в мидиях-батимодиолинах. Environ. Microbiol. 11. С. 1150–1167 (2009).
CAS Статья Google ученый
Lagkouvardos, I., Weinmaier, T., Lauro, F. M., Cavicchioli, R., Rattei, T. & Horn, M. Объединение метагеномных и ампликонных баз данных для определения филогенетического и экологического разнообразия хламидий. Журнал ISME. 2014. Т. 8. С. 115–125.
CAS Статья Google ученый
Источники инфекции и факторы риска | Naegleria fowleri
Вы не можете заразиться от питья воды, зараженной Naegleria . Вы можете заразиться только тогда, когда в нос попадет зараженная вода.
Люди заражаются, когда вода, содержащая Naegleria fowleri , попадает в нос, обычно во время плавания. Люди не заражаются питьевой зараженной воды. Амеба мигрирует в мозг по обонятельному нерву через костную пластину в черепе, называемую решетчатой пластиной, где достигает мозга и начинает разрушать ткань мозга 1, 2 . Naegleria fowleri не распространяется через водяной пар или капли аэрозоля (например, туман от душа или пар, образующийся из увлажнителя).Никогда не было доказано, что амеба передается от одного человека к другому.
Зарегистрирована трансплантация органов от доноров, инфицированных Naegleria fowleri , хотя ни один из реципиентов органов не заразился 3-5 . Однако обнаружено появление Naegleria fowleri вне мозга; Naegleria fowleri была зарегистрирована в срезах тканей легких, почек, сердца, селезенки и щитовидной железы в двух умерших случаях ПАМ 6 .В результате, хотя риск передачи Naegleria fowleri донорскими органами все еще неизвестен, он вряд ли будет равен нулю, поэтому риски трансплантации с органом, который, возможно, содержит Naegleria fowleri , следует тщательно взвесить для каждого отдельного реципиента органа. против потенциально большего риска отсрочки трансплантации в ожидании другого подходящего органа. Это требует продолжения изучения преимуществ и рисков трансплантации органов или тканей от людей, инфицированных Naegleria fowleri .
Список литературы
- Marciano-Cabral F, Cabral G. Иммунный ответ на Naegleria fowleri amebae и патогенез инфекции. Внешний значок FEMS Immunol Med Microbiol. 2007; 51: 243-59.
- Visvesvara GS. Свободноживущие амебы как оппортунистические возбудители болезней человека. Внешний значок J Neuroparasitol. 2010; 1.
- Крамер MH, Лернер CJ, Висвесвара GS. Трансплантаты почек и печени от донора, инфицированного Naegleria fowleri .external icon J Clin Microbiol.1997; 35: 1032-3.
- Беннетт WM, Nespral JF, Россон MW, McEvoy KM. Использование органов для трансплантации от донора с первичным менингоэнцефалитом, вызванным Naegleria fowleri .external icon Am J Transplant. 2008; 8: 1334-5.
- Таппени М. Первичный амебный менингоэнцефалит с последующим извлечением органов: тематическое исследование. Внешний значок J Neurosci Nurs. 2011; 43 (5): 274-9.
- Рой С.Л., Мецгер Р., Чен Дж. Г., Лахам Ф. Р., Мартин М., Киппер С. В., Смит Л. Е., Лион GM 3-й, Хаффнер Дж., Росс Дж. Э., Рай А. К., Джонсон В., Бодагер Д., Фридман М., Уолш Д. Д., Коллинз К., Инман Б., Дэвис Б.Дж., Робинсон Т., Паддок С., Заки С.Р., Кюнерт М., ДаСильва А., Кварнстрем И., Шрирам Р., Висвесвара Г.С.Риск передачи Naegleria fowleri при трансплантации твердых органов. Внешний значок Am J Transplant. 2014; 14 (1): 163-71.
Ростки: фермеры, выращивающие амебы, и другие организмы, выращивающие себе пищу [Слайд-шоу]
Слизистая плесень может показаться не очень развитой формой жизни, но эти одноклеточные социальные амебы умеют объединять усилия, чтобы увеличить свои шансы на выздоровление. на их гены. Одиночки на протяжении большей части своей жизни, тысячи этих организмов объединятся, чтобы сформировать многоклеточную, похожую на слизню единицу, чтобы искать и заселять новую среду обитания, когда ресурсы становятся дефицитными.
Некоторые популяции этих эукариот еще больше повысили свои шансы на выживание, взяв с собой любимую бактериальную пищу, чтобы создать свежий урожай, который засевают и потребляют в новой среде обитания. При этом крошечные Dictyostelium discoideum практикуют примитивную версию сельского хозяйства, как теперь утверждает группа исследователей из Университета Райса.
«Вместо того, чтобы съесть все бактерии на своем участке, [амебы] рано перестанут питаться и включат бактерии в свои плодовые тела», — написали исследователи в новой статье, опубликованной в выпуске Nature от 20 января.( Scientific American является частью Nature Publishing Group.) «Затем они переносят бактерии во время распространения спор и могут засеять новую пищевую культуру, что является большим преимуществом, если съедобные бактерии отсутствуют на новом участке».
Человеческое земледелие — с инструментами и сложным планированием — существует всего около 10 000 лет, но основные элементы сельского хозяйства включают стратегический сбор урожая и его рассредоточение. Именно это и делают амебы с бактериями. «Они переносят его в новые источники питательных веществ для роста бактерий, и они также осмотрительно собирают урожай — они не едят все это — и сохраняют часть его для распространения», — объясняет Дебра Брок, научный сотрудник отдела исследований Райса. Экология и эволюционная биология и соавтор нового исследования.
Как и многие в области биологии, Якобус Бумсма из Центра социальной эволюции Копенгагенского университета был удивлен, узнав об амебах, выращивающих бактерии. Но он говорит, что «это имело смысл, когда вы начали думать о результатах». Бумсма, который также написал эссе об амебах в том же номере журнала Nature , отметил, что это «захватывающее открытие, потому что симбиоз бактерий Dictyostelium , очевидно, обусловлен мутуалистическими преимуществами, несмотря на очевидные риски использования бактерий. возможности разгона, предоставленные хозяевами.«
Даже когда амебы оказались на новом участке, уже заполненном резидентными бактериями, амебы, выращивающие на фермах,« все еще могли выиграть, принося предпочтительные бактерии… точно так же, как люди сеют предпочтительные растения в уже зеленом мире », — написали Брок и ее коллеги. the paper
Но использование бактерий в поездке не лишено недостатков: воздерживаясь от употребления всех бактерий в их среде обитания, разводящие амебы могут лишить себя полного питания, которое могла бы съесть несельскохозяйственная колония.Исследователи также обнаружили, что в среднем слизняки, несущие бактерии, перед плодоношением преодолевали меньшее расстояние, чем не фермеры.
Только около трети собранных в дикой природе клонов Dictyostelium (отобранных на биологической станции Маунтин-Лейк в Вирджинии и биологической станции на озере Итаска в Миннесоте) были бактериологами. Исследователи предположили, что, когда амебы высвобождают споры «на участках, уже содержащих соответствующие бактерии, затраты на преждевременное прекращение питания не компенсируются, что может объяснить дихотомическую природу этого сельскохозяйственного симбиоза.»
Брок отмечает, что социальная природа и жизненный цикл организмов помогают объяснить, почему земледелие может быть преимуществом для некоторых амеб. В дикой природе плодовые тела содержат тесно связанный клональный изолят, поэтому даже если примерно одна пятая часть особей погибнет в процессе становления стволом структуры большое количество генетически похожего материала будет передано будущим поколениям через споры.
«Это действительно здорово, что они могут это сделать», — говорит Брок о Dictyostelium .«Но в целом я думаю, что это, возможно, предлагает много новых способов задавать вопросы». Например, она рассматривает отношения амебы и бактерии как интересную модель для изучения сложных взаимодействий человека с бактериями. Поскольку геном Dictyostelium был секвенирован, исследователи уже глубоко погрузились в разделение различных генов и признаков, которые могут помочь объяснить различия между фермерами и нефермерами и то, как симбиоз мог развиваться в первую очередь.
Амебы — не единственные животные, кроме человека, которые ведут квази-сельскохозяйственное поведение, хотя они и самые крошечные. Было показано, что муравьи, термиты, жуки, улитки и некоторые виды рыб также сажают, собирают урожай и в некоторых случаях ухаживают за своими предпочтительными источниками пищи.
Посмотреть слайд-шоу нечеловеческих культиваторов.
Объяснение микробиологии от А до Я — Micropia
Супергруппа амебозоа состоит из организмов-эукариот, которые не имеют фиксированной формы, а также могут постоянно менять свою форму.Амебы одноклеточные, но не всегда маленькие. Некоторые слизевики, также входящие в группу амебозоа, могут вырасти больше, чем ваша рука.
| Латинское название | Амебе |
|---|---|
| Английское название | Амеба |
| Супергруппа | Амёбозоа |
| Домен | Эукария |
| Размер | От нескольких мкм до десятков см |
| Среда обитания | Пресноводные, влажные среды, иногда паразитические |
| Продукты питания | Одноклеточные организмы, органические отходы |
| Враг | Коловратки, нематоды |
Супергруппа амебозоа состоит из организмов-эукариот, которые не имеют фиксированной формы, а также могут постоянно менять свою форму.Амебы одноклеточные, но не всегда маленькие. Некоторые слизевики, также входящие в группу амебозоа, могут вырасти больше, чем ваша рука.
Псевдоножки
Амебы передвигаются, образуя ложноножки: выпуклости на клеточной мембране. Наполняя цитоплазмой одну ложноножку все больше и больше, она растет. В конечном итоге клетка амебы движется в этом направлении, постепенно выкапывая. Амебы также используют псевдоножки для захвата пищи. Они подходят к органическим отходам или организму ложноножкой.Затем псевдоножка окружает эту частицу и поглощает ее посредством процесса, называемого фагоцитозом.
Семенниковые амебы | Богология
Семенниковые амебы — это крошечные одноклеточные организмы, обитающие на различных заболоченных территориях и почвах, в том числе на изучаемых нами болотах. Сами амебы вырастают или создают оболочку, которая называется «тест», отсюда и название. Помимо того, что мы изучаем образцы с поверхности болот, в которых мы можем найти живые амебы, мы находим именно эти раковины в наших ядрах, поскольку они могут сохраняться в течение многих тысяч лет.Типичная раковинная амеба составляет около 1/20 миллиметра в длину и имеет одно отверстие в раковине, из которого она выступает, чтобы двигаться и питаться. Во всем мире зарегистрированы тысячи видов раковинных амеб, но при типичном исследовании болота мы находим только около 50-75 различных видов. Даже в пределах этого небольшого числа разнообразие форм, размеров и цветов просто поразительно, особенно при просмотре с 400-кратным увеличением.
Euglypha strigosa
5 утра-ээээ-бее! Эта называется Arcella catinus
W — глубина водного зеркала, реконструированная с использованием раковинной амебы, такой как эта, называемая Nebela carinata
.У каждого вида амебы есть отличительная раковина, которую мы можем отличить друг от друга, глядя на такие особенности, как форма и размер раковины, а также на то, из чего она состоит.Точно так же, как растения, разные раковинные амебы предпочитают жить в разных местообитаниях на поверхности болота; более влажные или более сухие места.