Тандем блюм расчет: Как рассчитать размеры тандембокса от Blum?

Содержание

Тамдембокс — выдвижные системы и направляющие Блюм, мебельная фурнитура для кухни

Идея создания нашей компании была продиктована нам ситуацией на мебельном рынке в те не такие далекие 90 годы, когда понятия комплексного обслуживания кустарных мебельщиков, умеющих работать руками и головой, практически не было.

В первые же месяцы нашей работы мы поняли, что находимся на верном пути. При общении с людьми, которых мы обслуживали в то время, звучали вполне разумные предложения по усовершенствованию получаемых услуг и расширению ассортимента сопутствующих товаров. Таким образом началось наше бурное развитие.

В 2005 году для нас стал очевидным факт, что постепенно у наших клиентов появляется потребность и возможность покупать товары OnLine. В связи с этим, было принято решение создать интернет магазин для современных мебельщиков и розничных клиентов. В нашем новом сервисе мы предоставили быструю возможность разобраться в огромном количестве товаров, необходимых для изготовления индивидуальной мебели.

Интернет магазин Торговой Марки ДЕКС постепенно набирал популярность не только в своем регионе, но и по всей территории Украины. С нами начали сотрудничать многие мебельщики из разных регионов, где обслуживание не то, что онлайн, а даже офлайн, до сих пор на очень низком уровне. Постепенно у нас стали появляться клиенты из городов миллионников, в которых с каждым годом становилось все труднее и труднее перемещаться из точки А в точку Б.

И так, из года в год, работая над улучшением нашего сервиса, к 2010 году мы вышли в лидеры по обслуживанию клиентов онлайн в такой узкоспециализированной нише, как мебельная фурнитура. В этом же году было принято решение о выставлении фотографий товаров собственного производства: шкафов, прихожих, диванов для онлайн продажи. Это решение также было успешным и привело нас к расширению ассортимента мебели и договоренности с другими производителями о реализации их товаров на нашей площадке. Сегодня мы очень тщательно относимся к выбору наших партнеров-поставщиков и постоянно работаем над повышением уровня сервиса для наших клиентов.

Это не просто слова, которые украшают этот текст. Каждый сотрудник, которого мы принимаем на работу, придерживается ключевой ценности компании — Мы Выполняем То, Что Пообещали Клиенту С Первого Раза И Точно Вовремя. Это же требование относится и к нашим поставщикам.

Все отзывы, которые есть в разделе «Отзывы», действительно написаны нашими клиентами, а не притянуты за «уши». Мы всегда приветствуем конструктивную критику и будем Вам за нее благодарны. Надеемся, что сотрудничество с нами будет для Вас полезным, и от этого жизнь станет ярче

Фурнитура для кухни БЛЮМ

Мебельная фурнитура Blum (Блюм) — известный бренд на российском рынке. В современных салонах мебели качественный кухонный гарнитур будет обязательно укомплектован фурнитурой от австрийского производителя Blum.

Благодаря высоким требованиям к фурнитуре, которые задает сам производитель, ориентируясь на скорость развития современных технологий, фурнитура для мебели из Австрии всего за пару лет заняла лидирующие позиции в Европе и России.

Почему мебельная фурнитура должна быть от Blum?

  1. Механизмы блюм — бесшумно открываются, плавно закрываются, могут быть незаметными или благородных цветов, которые идеально дополнят образ мебели.
  2. Петли блюм — абсолютный чемпион по количеству открываний. Петли австрийского производителя способны выдержать 200 тыс. циклов, тогда как по ГОСТу обычные петли достигают только 80 тыс. циклов(открыл-закрыл). Переводя этот показатель во временной ресурс, получим примерно 22 года непрерывного использования.
  3. На мебель с фурнитурой блюм из исключительной нержавеющей стали полагается гарантия от производителя на каждую комплектующую не менее 5 лет.
  4. Фурнитура Blum настолько удобная и функциональная, что однозначно станет помощником хозяйки на кухне. А еще не причинит отдельных хлопот по уходу за мебелью, так как основные фасады и фурнитура может быть съемной,
    что позволит с легкостью проводить гигиеническую уборку на кухне или даже мыть петли и подъемники blum в посудомоечной машине.

 

Австрийская фурнитура блюм — залог спокойствия и полного удовлетворения своей мебелью. Вы забудете про неприятные скрипы петель, посторонние шумы из тумб, о тяжести фасадов, открывании ящиков с усилием и прочих проблемах, связанные с комплектующими на кухне.

Как работает фурнитура для кухни blum?

Говоря о принципах работы механизмов блюм, можно выделить несколько категорий, различающихся по типу открывания и функционалу.

Подъемные механизмы АВЕНТОС БЛЮМ легко открываются и фиксируются на любом уровне, предоставляя простор для действий с кухонной утварью.

Подъемники Блюм бывают следующих типов:

  • BLUM AVENTOS HF — открывание вверх, в два сложения.
  • AVENTOS HS — открывание вверх, в одно сложение.
  • AVENTOS HL — открывание по вертикали.
  • AVENTOS HK — поворотное открывание.
  • AVENTOS HK-S — поворотное открывание для малых фасадов.
  • AVENTOS HK-XS — открывание вверх для фасадов менее 460 мм.

Ящики BLUM бывают трех типов выдвижения:

  • METABOX — частичное выдвижение, обычное закрывание.
  • TANDEMBOX — полное выдвижение, плавное закрывание, с встроенными доводчиками.
  • LEGRABOX — нестандартная фурнитура по форме, размеру и цвету с дополнительной функцией — блокировка CABLOXX.

Лотки BLUM с разделительной системой для столовых приборов:

  • ORGA-LINE — комплект лотков из нержавеющей стали.
  • AMBIA-LINE — комплект лотков из натурального дерева.

Направляющие BLUM (отличаются цветом материала):

  • TANDEM — скрытые направляющие с плавной системой открывания.
  • MOVENTO — усовершенствованные направляющие типа ТАНДЕМ.
  • TANDEMBOX — универсальная система выдвижных ящиков.
  • TANDEMBOX Plus, Intivo и Antaro
  • LEGRABOX – креативное решение для дизайнеров, с большими возможностями по выбору цвета, материала, формы и функционала.
  • METABOX — экономичные направляющие для ящиков.

Петли BLUM обычно идут в комплекте с встроенным доводчиком:

  • Петли MODUL — экономный вариант.
  • BLUM CLIP – монтаж производится вручную, без инструментов.
  • Петли CLIP top — уникальный дизайн и упрощенный способ регулировки.
  • TIP-ON BLUM — устанавливается на мебель без ручек. Открывание происходит в момент легкого нажатия на фасад.
  • BLUM clip top BLUMOTION – бесшумная системой амортизации, скрытая в углублении петли.

На данный момент, механизмы Блюм насчитывают около 1200 функциональных решений для мебельной фурнитуры.

Отдельно хочется отметить, что каждый продукт, произведенный на фабрике Блюм тестируется перед выпуском, согласно

международным стандартам качества по ISO 9001. И что самое важно, фурнитуре Блюм абсолютно экологичный продукт. Это подтверждает европейский сертификат ISO14001. Такой отличительный знак присуждается тем компаниям, которые не только следят за экологичностью процесса во время производства, но и вносят весомый вклад в сохранение окружающей среды.

Девиз BLUM: «Глобальная выгода для всех, от производителя до покупателя!», под чем компания «мебель Сфера» и подписывается.

 

Вернуться к списку cтатей

Хеттих и Блюм кто лучше и чем они отличаются

В мире довольно много очень похожих, но в тоже время абсолютно разных компаний, которые стали синонимами. Говоришь об одном и сразу же вспоминаешь другого.

Например, Кока-Кола и Пепси, Никон и Кэнон, Мерседес и БМВ и Хеттих и Блюм! В мебельном производстве самыми известными и востребованными производителями фурнитуры являются эти две компании, австрийская фирма Блюм и немецкий концерн Хеттих.

Что общего и что разного между ними? Чем они отличаются друг от друга? И чья продукция предпочтительней? Давайте ответим на все эти вопросы.

Хеттих или Блюм, немного истории

Прежде всего, не помешает вспомнить немного об истории возникновения каждой из компаний и в целом, отметить, что нам о них известно.

   Blum. Австрия.

Основатель Юлиус Блюм в 1952 году.

Изначально предприятие занималось изготовлением антискользящих гвоздей для подков. За полвека эта компания стала крупнейшим производителем мебельной фурнитуры и имеет большое количество дочерних предприятий по всему миру, в том числе и в России.

Самые известные инженерные решения компании Блюм:

  • Aventos – подъемные механизмы
  • Blumotion – выдвижные системы для ящиков и дверей, позволяющие им закрываться бесшумно.
  • Orgaline – органайзеры, позволяющие упорядочить внутреннее пространство
  • Clip – петля не требующая инструментов при установке
  • Tandem – скрытые направляющие

   Hettich. Германия.

Основатель Карл Хеттих в 1888 году.

Компания Карла изначально занималась изготовлением рояльных петель, а также часов с кукушкой, но постепенно, к середине 20-го века полностью перестроилась на изготовление мебельной фурнитуры. Сегодня Хеттих это огромный концерн по производству невероятного количества всевозможных деталей и приспособлений для мебели, многие из которых стали просто революционными и изменили наше представление о ней.

Самые известные инженерные решения компании Хеттих:

  • InnoTech – выдвижные ящики с двойной боковиной
  • Quadro – направляющие для выдвижных ящиков, работающие по принципу шарикоподшипника
  • ProfiTech – первая в мире система двойных боковин и боковин из стали, для выдвижных ящиков
  • Silent System – выдвижной механизм для ящиков подавляющий колебания
  • ComfortLine – системы выдвижных ящиков комфортного открывания

Хеттих или Блюм, что лучше?

Итак, как мы могли увидеть, у этих двух торговых марок очень много общего, их продукция всемирно известна и у каждой из них есть свои поклонники по всему миру.

Если говорить о различиях, то выделить какой-то главный и существенный минус или плюс, будет очень трудно. Компании пристально следят за рынком фурнитуры и в первую очень за новыми разработками друг друга, поэтому у той и другой компании есть всегда аналогичные предложения на то или иное новое инженерное решение в мебельной фурнитуре.

Продукция и Хеттих и Блюм очень высокого качества и какие-то детальные предпочтения могут возникнуть, только в течении регулярной работы!

Продукция обоих марок очень высокого качества и какие-то детальные предпочтения могут возникнуть, только в течении постоянной и регулярной работы у профессионалов. На нашей мебельной фабрике Микэвол мы отдаем такое предпочтение фурнитуре Хеттих.

Хеттих и Микэвол, почему?

Мы работаем с Hettich уже очень много лет, знаем о ней абсолютно все и уверены в ее надежности. Blum мы тоже иногда используем, особенно если этого хочет заказчик.

Но так как сотрудничество с Хеттих длится уже очень много лет, у нас есть особые условия на покупку фурнитуры, по более выгодной цене, что в итоге позволяет нам сделать и нашу основную продукции более доступной.

Есть и другие виды мебельной фурнитуры, кроме Хеттих и Блюм, очень много вариантов. Посмотрите об этом подробнее на нашем сайте!

 

Идентификация новых путей фрагментации и ионных структур фрагментов в тандемных масс-спектрах протонированных синтетических катинонов

Основные моменты

•

Пути (пути), рационализированные для базового пика в тандемных масс-спектрах многих синтетических катинонов.

•

С высокой массовой точностью установлен элементный состав осколков.

•

Мечение изотопов и MS n установили последовательные пути фрагментации.

•

Ионная спектроскопия и теоретические расчеты подтвердили идентичность предложенных фталатоподобных промежуточных продуктов.

Реферат

Расширение использования новых синтетических наркотиков, таких как синтетические катиноны или «соли для ванн», является растущей проблемой общественного здравоохранения и постоянной проблемой для наркологов. В тандемных масс-спектрах протонированных α-пирролидинофеноновых катинонов ион тропилия на m / z 91 часто является одним из наиболее распространенных ионов-продуктов, но его механистическое происхождение в настоящее время необъяснимо.Этот проект сочетал в себе многоступенчатую масс-спектрометрию с ионизацией электрораспылением (ESI-MS n ), масс-спектрометрию высокого разрешения (HRMS), изотопное мечение и ионную спектроскопию, чтобы улучшить наше понимание путей и механизмов фрагментации различных α-пирролидинофенонов. катиноны. Тенденции фрагментации, полученные из этих исследований ESI-MS / MS, следующие: 1) в отличие от N -алкилированных катинонов, обильные катион-радикалы не наблюдаются в предшественниках α-пирролидинофенонов с четными электронами; 2) потеря нейтрального пирролидина 71 Да с образованием катиона алкилфенона наблюдается всегда; 3) ряд нейтральных алкенов теряется из катиона алкилфенона с образованием промежуточных катионов с фталаноподобными структурами.Промежуточные продукты фталана затем удаляют карбонильный углерод в виде CO или C 2 H 2 O с образованием иона тропилия на высоте m / z 91. α-углерод исходного катинона почти исключительно сохраняется в тропилиле. ион. Если исходный катинон замещен в ароматическом кольце, наблюдаемый ион тропилия будет смещен на массу замещения. Эти результаты объясняют характерные ионы в спектрах ESI-MS / MS синтетических катинонов и помогут аналитикам лучше использовать масс-спектральные наблюдения в будущих исследованиях.

Ключевые слова

Тандемная масс-спектрометрия

Маркировка изотопов

Ионная спектроскопия

Расчеты методом DFT

Катиноны

Рекомендуемые статьи Цитирующие статьи (0)

Просмотр аннотации

© 2020 Elsevier PDF) Сверхвысокопроизводительная жидкостная хроматография гидрофильного взаимодействия с методом тандемной масс-спектрометрии для определения паралитических токсинов и тетродотоксина моллюсков в мидиях, устрицах, моллюсках, моллюсках и гребешках: совместное исследование

30 Turner et al.: Journal of aoaC InTernaTIonal Vol. 103, нет. x, 2020

(42) CODEX (2015) Комиссия Кодекса Алиментариус, Продовольствие и

Сельскохозяйственная организация Объединенных Наций и мира

Организация здравоохранения, Рим, Италия, STAN 292-2008

(43) Европейское агентство по безопасности пищевых продуктов (2009) EFSA J. 1019, 1–76.

doi: 10.2903 / j.efsa.2009.1019

(44) Официальные методы анализа (2002) AOAC INTERNATIONAL,

Приложение D

(45) Turner, A.Д., Льюис А.М., О’Нил А. и Хателд Р.Г.

(2013) Toxicon 65, 41–48. DOI: 10.1016 / j.toxicon.2013.01.008

(46) Салливан Дж. (1983) Biochem. Биофиз. Res. Commun. 114,

465–472. DOI: 10.1016 / 0006-291X (83) -3

(47) Тернер, А.Д., Дханджи-Рапкова, М., Коутс, Л., Бикерстафф, Л.,

Миллиган, С., О’Нил, A., McEneny, H., Baker-Austin, C.,

Lees, DN, & Algoet, M. (2017) Mar. Drugs 15, 277.

doi: 10.3390 / md150

(48) Wells, G., Perst, H., & Russ, CW IV (2011) Сигнал, шум,

и пределы обнаружения в масс-спектрометрии: техническое примечание,

Agilent Chemical Analysis Group, Agilent Technologies,

Inc., Wilmington, DE, https://www.agilent.com/cs/library/

Technicaloverviews / public / 5990-7651EN.pdf

(по состоянию на 8 марта 2019 г.)

(49) Шихан, TL, и Йост, РА (2015) Curr. Trends Mass

Spectrom.13, 16–22

(50) Desimoni, E., & Brunetti, B. (2015) Pharm. Анальный. Acta 6,

355. doi: 10.4172 / 2153-2435.1000355

(51) AB SCIEX 0

0-01 (2010), Определение нижних пределов

Количественное определение: обсуждение сигнала / шума, воспроизводимости,

и Детекторная технология в количественной ЖХ / МС / МС

Эксперименты

(52) Корли Дж. (2003) в Справочнике по методам анализа остатков

для агрохимикатов, Vol. 1, стр.W. Lee, H. Aizawa, A.C. Barefoot, &

J.J. Мерфи (ред.), John Wiley & Sons, Inc., Хобокен, штат Нью-Джерси

(53) Рипп, Дж. (1996) Аналитическое руководство по пределу обнаружения и

Лабораторное руководство по определению пределов обнаружения метода,

Программа сертификации лабораторий , Wisconsin Department of

Natural Resources, Madison, WI

(54) Межгосударственная конференция по санитарии Shell Sansh (2013)

Протокол валидации для одной лаборатории для утверждения метода

(Iii), http: // www.issc.org/single-lab-validationfor-laboratory

methods

(55) Harwood, DT, Selwood, AI, van Ginkel, R.,

Waugh, C., McNabb, PS, Munday, R., Hay , B.,

Thomas, K., Quilliam, MA, Malhi, N., Dowsett, N., &

McLeod, C. (2014) Toxicon 90, 213–225. DOI: 10.1016 / j.

токсикон. 2014.08.058

(56) Вейл, П. (2010) Токсикон 55, 162–165. DOI: 10.1016 / j.

токсикон. 2009.07.010

(57) Коста, П.Р., Мойта Т. и Родригес С. (2014)

Вредные водоросли 31, 35–40. DOI: 10.1016 / j.hal.2013.09.009

(58) Коста П.Р., Робертсон А. и Куиллиам М.А. (2014)

Мар. Наркотики 12, 1–16. doi: 10.3390 / md13042046

(59) Коста, PR, Брага, AC и Тернер, AD (2018) Токсины 10,

428. doi: 10.3390 / toxins10110428

(60) Гарате-Лисаррага, И., Бустиллос -Guzman, JJ, Morquecho, L.,

Band-Schmidt, CJ, Alonso-Rodriguez, R., Erler, K.,

Luckas, B., Reyes-Salinas, A., & Gongora-Gonzalez, D.T.

(2005) Mar. Pollut. Бык. 50, 208–236

(61) Hateld, R.G., Punn, R., Algoet, M., & Turner, A.D. (2016)

J. AOAC Int. 99, 475–480. DOI: 10.5740 / jaoacint.15-0080

(21) Lawrence, J.F., Niedzwiadek, B., & Menard, C. (2005)

J. AOAC Int. 88, 1714–1732

(22) ван де Рит, Дж. М., Гиббс, Р. С., Чоу, Ф. У., Мугга, П. М.,

Рурк, В.A., Burns, G., Thomas, K., & Quilliam, M.A.

(2009) J. AOAC Int. 92, 1690–1704

(23) van de Riet, J.M., Gibbs, R.S., Muggah, P.M., Rourke, W.A.,

MacNeil, J.D., & Quilliam, M.A. (2011) J. AOAC Int. 94,

1154–1176

(24) Ван Долах, Ф.М., Лейгелд, Т.А., Дусетт, Г.Дж., Бин, Л.,

Недзвядек, Б., и Рон, Д.Ф. (2009) J. AOAC Int. 92, 1705–1713

(25) Van Dolah, F.M., Fire, S.E., Leigheld, T.A., Mikulski, C.M., &

Doucette, G.J. (2012) J. AOAC Int. 95, 795–812.

doi: 10.5740 / jaoacint.CS2011_27

(26) Кодама, М., Сато, С., & Огата, Т. (1993) in Toxic

Цветение фитопланктона в море: материалы 5-й Международной конференции

по токсичному морскому фитопланктону,

Ньюпорт, Род-Айленд, США, 28 октября — 1 ноября 1991 г.,

ТДж Smayda & Y. Shimizu (Eds), Elsevier, Amsterdam, The

, Нидерланды, стр. 401–406

(27) McNabb, P.С., Тейлор, Д.И., Огилви, С.С., Уилкинсон, Л.,

,

Андерсон, А., Хамон, Д., Вуд, С.А., и Пик, Б.М. (2014)

J. AOAC Int. 97, 325–333. DOI: 10.5740 / jaoacint.SGEMcNabb

(28) Тернер, А. Д., Пауэлл, А., Шёелд, А., Лис, Д. Н., &

Бейкер-Остин, К. (2015) Eurosurveillance 20, 21009.

doi: 10.2807 / 1560-7917.ES2015.20.2.21009

(29) Вламис, А., Катику, П., Родригес, И., Рей, В., Альфонсо, А.,

Папазахариус, А., Захараки Т., Ботана А.М. и Ботана Л.М.

(2015) Токсины 7, 1779–1807. doi: 10.3390 / toxins7051779

(30) Леао, Дж. М., Лозано-Леон, А., Хиральдес, Дж., Виларино, О., и

Гаго-Мартинес, А. (2018) Mar. Drugs 16, 81– 92.

doi: 10.3390 / md16110452

(31) Finch, SC, Boundy, MJ, & Harwood, DT (2018) Toxins 10,

423. doi: 10.3390 / toxins10110423

(32) Dell’Aversano, C. , Тартальоне, Л., Полито, Г., Дин, К.,

Джакоббе, М., Касабьянка, С., Капеллаччи, С., Пенна, А., &

Тернер, А. Д. (2019) Chemosphere 215, 881–892.

doi: 10.1016 / j.chemosphere.2018.10.081

(33) Делл’Аверсано, К., Гесс, П., & Куиллиам, М.А. (2005) J. Chromatogr.

А 1081, 190–201. DOI: 10.1016 / j.chroma.2005.05.056

(34) Делл’Аверсано, К., Уолтер, Дж. А., Бертон, И. В., Стирлинг, Д. Д.,

Фатторуссо, Э., и Куиллиам, Массачусетс (2008) J Нат. Prod.71,

1518–1523. DOI: 10.1021 / np800066r

(35) Таррелл, Э., Стобо, Л., Лаказ, Ж.-П., Пилецкий, С., и

Пилецка, Э. (2008) J. AOAC Int. 91, 1372–1386

(36) Sayfritz, S.J., Aasen, J.A.B., & Aune, T. (2008) Toxicon 52,

330–340. DOI: 10.1016 / j.toxicon.2008.06.001

(37) Zhuo, L., Yin, Y., Fu, W., Qiu, B., Lin, Z., Yang, Y.,

Zheng, Л., Ли, Дж., И Чен, Г. (2013) Food Chem. 137, 115–121.

DOI: 10.1016 / j.foodchem.2012.10.010

(38) Динер, М., Эрлер, К., Кристиан, Б., и Лукас, Б. (2007) Дж. Сентябрь

Sci. 30, 1821–1826. DOI: 10.1002 / jssc.200700025

(39) Boundy, M.J., Selwood, A.I., Harwood, D.T., McNabb, P.S., &

Turner, A.D. (2015) J. Chromatogr. А 1387, 1–12.

doi: 10.1016 / j.chroma.2015.01.086

(40) Тернер, А.Д., Макнабб, П.С., Харвуд, Д.Т., Селвуд, А.И., и

Баунди, М.И. (2015) J. AOAC Int.98, 609–621.

doi: 10.5740 / jaoacint.14-275

(41) Томпсон М., Эллисон С.Л.Р. и Вуд Р. (2002) Pure Appl.

Chem. 74, 835–855

Произошла ошибка при настройке пользовательского файла cookie

Этот сайт использует файлы cookie для повышения производительности. Если ваш браузер не принимает файлы cookie, вы не можете просматривать этот сайт.

Настройка вашего браузера для приема файлов cookie

Существует множество причин, по которым cookie не может быть установлен правильно.Ниже приведены наиболее частые причины:

  • В вашем браузере отключены файлы cookie. Вам необходимо сбросить настройки своего браузера, чтобы он принимал файлы cookie, или чтобы спросить вас, хотите ли вы принимать файлы cookie.
  • Ваш браузер спрашивает вас, хотите ли вы принимать файлы cookie, и вы отказались. Чтобы принять файлы cookie с этого сайта, нажмите кнопку «Назад» и примите файлы cookie.
  • Ваш браузер не поддерживает файлы cookie. Если вы подозреваете это, попробуйте другой браузер.
  • Дата на вашем компьютере в прошлом.Если часы вашего компьютера показывают дату до 1 января 1970 г., браузер автоматически забудет файл cookie. Чтобы исправить это, установите правильное время и дату на своем компьютере.
  • Вы установили приложение, которое отслеживает или блокирует установку файлов cookie. Вы должны отключить приложение при входе в систему или проконсультироваться с системным администратором.

Почему этому сайту требуются файлы cookie?

Этот сайт использует файлы cookie для повышения производительности, запоминая, что вы вошли в систему, когда переходите со страницы на страницу.Чтобы предоставить доступ без файлов cookie потребует, чтобы сайт создавал новый сеанс для каждой посещаемой страницы, что замедляет работу системы до неприемлемого уровня.

Что сохраняется в файле cookie?

Этот сайт не хранит ничего, кроме автоматически сгенерированного идентификатора сеанса в cookie; никакая другая информация не фиксируется.

Как правило, в файлах cookie может храниться только информация, которую вы предоставляете, или выбор, который вы делаете при посещении веб-сайта.Например, сайт не может определить ваше имя электронной почты, пока вы не введете его. Разрешение веб-сайту создавать файлы cookie не дает этому или любому другому сайту доступа к остальной части вашего компьютера, и только сайт, который создал файл cookie, может его прочитать.

Раков | Бесплатный полнотекстовый | Тандемные культуры срезов глиобластомы для количественной оценки ингибирующего воздействия на инвазию и рост

Глиомы являются наиболее распространенными первичными опухолями головного мозга, при этом глиобластома (глиома IV степени) является наиболее опасной и связана со средней выживаемостью только 12-15 месяцев после постановки диагноза [1,2].Его особенно неблагоприятный прогноз, который оставляет его практически неизлечимым даже после обширного хирургического вмешательства, радио- и химиотерапии, в основном связан с обширной инфильтрацией опухолевых клеток в прилегающие нормальные ткани [3]. Таким образом, в то время как стандартные стратегии лечения в основном сосредоточены на основной массе опухоли, более глубокое понимание инвазии опухолевых клеток и разработка новых лекарств для ее ингибирования имеет большое значение. Классические двумерные клеточные культуры или системы совместного культивирования для миграции опухолевых клеток, такие как анализы царапин, анализы с камерой трансвелл / Бойдена или покрытие лунок компонентами внеклеточного матрикса (ЕСМ), такими как коллаген, фибронектин или ламинин [4,5], довольно просты. и недорого.Тем не менее, такие стандартные методы не позволяют в достаточной степени оценить инвазивный потенциал из-за отсутствия компонентов матрикса и барьерных структур, с которыми могут столкнуться инвазивные клетки. Фактически, заметно отличающиеся функции белков ранее наблюдались в 2D и в 3D ситуации [6,7]. Кроме того, искусственные 2D- или 3D-матрицы плохо имитируют ситуацию in vivo, которая состоит, помимо ECM, из нескольких типов клеток, которые способны влиять и взаимодействовать с опухолевыми клетками и, таким образом, существенно влиять на их инвазивный потенциал [8].Стремясь к системам, которые обеспечивают органотипическое микросредство с необходимой клеточной сложностью [9,10], в более поздних исследованиях были разработаны модели срезов ткани в условиях интерфейса воздух-жидкость [11,12,13,14]. Это также включало модели совместного культивирования срезов ткани. Вместо одиночных опухолевых клеток в суспензии, которые будут преимущественно расти на поверхности ткани, сфероиды имплантировали на поверхность среза головного мозга или в ткань среза головного мозга [15,16]. Хотя этот подход легко обеспечивает некоторые важные характеристики ткани-хозяина, такие как подлинный ECM, глиально-нейрональный контакт и взаимодействие, а также нейронные связи, сфероиды лишь частично представляют ситуацию с опухолью in vivo из-за отсутствия интактных структур опухолевой ткани, которые может влиять на подвижность, миграцию и инвазивный потенциал опухолевых клеток.С другой стороны, модели in vivo для более глубокого понимания критических процессов, лежащих в основе клеточной инвазии глиобластомы человека, и, в частности, для оценки эффектов тестируемых веществ, таких как специфические ингибиторы, должны были бы опираться на ортотопические ксенотрансплантаты глиобластомы. Поскольку эти модели очень дороги, отнимают много времени и связаны с рядом этических и практических вопросов, срочно необходима разработка значимых систем ex vivo. Объединив преимущества интактного микроокружения хозяина органотипических срезов ткани мозга с интактной опухолевой тканью, мы разработали тандемную установку для совместного культивирования срезов ткани глиобластомы на основе интактной опухолевой ткани, полученной из ксенотрансплантатов мыши.В частности, это позволяет проводить исследования воздействия лекарств ex vivo, не требуя животных, за исключением доноров тканей, и, таким образом, представляет собой альтернативу использованию животных в научных целях. Хотя в этом исследовании использовался опухолевый ксенотрансплантат (требуется очень небольшое количество животных, так как опухолевые ткани затем размножаются во многих образцах ex vivo), его можно даже распространить на первичные опухоли от пациентов.

Несоответствие между тандемно-повторяющимся типом микобактериальных чередующихся повторяющихся единиц с переменным числом и рестрикционным полиморфизмом длины фрагмента IS6110 Генотипирование для анализа штаммов Mycobacterium tuberculosis Пекин в условиях высокой заболеваемости…

РЕЗЮМЕ

Длина фрагмента IS 6110 6110 Полиморфизм (ПДРФ) — наиболее широко используемый метод генотипирования для изучения эпидемиологии Mycobacterium tuberculosis .Однако из-за сложности методики генотипирования RFLP IS 6110 и интерпретации данных RFLP в качестве нового стандарта генотипирования было предложено микобактериальное чередующееся тандемно-повторяющееся генотипирование с повторяющимся числом переменных единиц (MIRU-VNTR). Это исследование было направлено на определение дискриминирующей способности различных комбинаций локусов MIRU-VNTR относительно генотипирования IS 6110 RFLP с использованием коллекции штаммов M. tuberculosis Beijing генотипа с хорошо известной филогенетической историей.Кластеризация, индекс разнообразия, согласованность кластеризации, соответствие между уникальными генотипами, а также дивергентная и конвергентная эволюция были рассчитаны для семи комбинаций 27 различных локусов MIRU-VNTR и сравнивались с результатами IS 6110 RFLP. Наши результаты подтвердили предыдущие выводы о том, что генотипирование MIRU-VNTR можно использовать для оценки степени недавней или продолжающейся передачи. Однако молекулярно-эпидемиологическая связь случаев значительно варьировала в зависимости от используемого метода генотипирования. Мы пришли к выводу, что локусы IS 6110 RFLP и MIRU-VNTR развиваются независимо и с разной скоростью, что приводит к несоответствию между цепями передачи, прогнозируемыми соответствующими методами генотипирования.Соответствие между двумя методами генотипирования можно улучшить, включив генетическое расстояние (GD) в формулы кластеризации для некоторых комбинаций локусов MIRU-VNTR. Таким образом, наши результаты отличаются от предыдущих отчетов, что можно объяснить тем фактом, что в условиях низкой заболеваемости туберкулезом генетическая дистанция между эпидемиологически неродственными изолятами была достаточной для определения штамма с использованием любого маркера, тогда как в условиях высокой заболеваемости непрерывная эволюция и устойчивость штаммов выявили недостатки, присущие этим маркерам.

За последние два десятилетия методы молекулярного генотипирования расширили наше понимание эпидемиологии туберкулеза (ТБ) во многих географических регионах. Эти методы позволили географически-временное отслеживание штаммов Mycobacterium tuberculosis с целью выявления исходных случаев, ответственных за вспышки туберкулеза (3), отслеживания недавней и продолжающейся передачи болезни (31), различения повторного заражения и рецидива (28), оценки эффективность краткосрочных программ борьбы с туберкулезом под непосредственным наблюдением (5, 16) и выявление глобальных генетических линий (7).В идеале инструменты молекулярного генотипирования должны быть недорогими, высоко различимыми, давать быстрые результаты, быть простыми в исполнении и давать легко интерпретируемые результаты, позволяющие проводить точные межлабораторные сравнения (универсально сопоставимые базы данных).

Три метода генотипирования в настоящее время широко используются в молекулярно-эпидемиологических исследованиях ТБ: IS 6110 Полиморфизм длины рестрикционных фрагментов (ПДРФ), генотипирование (27), сполиготипирование (14) и тандемное повторение микобактериальных чередующихся повторяющихся единиц с переменным числом (MIRU-VNTR) генотипирование (21, 22).В настоящее время наиболее широко используемым методом генотипирования является генотипирование IS 6110 RFLP (27). Однако этот метод трудоемок и сложен. Кроме того, различия в применении могут затруднить межлабораторные сравнения, а полученные данные могут иметь ограничения (например, сравнение штаммов с высоким или низким числом копий IS 6110 ). Совсем недавно правомерность расчета кластеризации IS 6110 RFLP в качестве суррогата для передачи была поставлена ​​под сомнение, поскольку шаблон полосатости IS 6110 может изменяться во время передачи (33, 35).Модель ближайшего генетического расстояния была оценена для включения изменений полосатости IS 6110 в расчет текущей передачи (24). Термин «кластер» также подвергался сомнению в исследованиях, в которых сравнивались данные отслеживания контактов с данными IS 6110 RFLP (4, 26). В ответ на это были проведены многочисленные исследования, чтобы попытаться определить альтернативные методы, способные точно описывать эпидемиологические события в различных условиях на том же дискриминационном уровне, что и при генотипировании по IS 6110 RFLP.Одним из наиболее многообещающих методов является генотипирование MIRU-VNTR, основанный на ПЦР метод определения количества тандемных повторов в данном генетическом локусе. Supply et al. (21) определили набор из 15 локусов MIRU-VNTR для молекулярно-эпидемиологических исследований и набор из 24 локусов MIRU-VNTR для филогенетического анализа штаммов M. tuberculosis по всему миру. В подтверждение этого другое исследование пришло к выводу, что этот подход генотипирования «в реальном времени» MIRU-VNTR очень применим для популяционных исследований (18).Эта точка зрения была подтверждена исследованием, проведенным в Брюссельском регионе, авторы которого пришли к выводу, что стандартизированный метод генотипирования MIRU-VNTR может стать новым эталоном для эпидемиологического и филогенетического скрининга штаммов M. tuberculosis (2).

В исследовании из Японии (10) изучалась дифференцирующая способность предложенных методов генотипирования MIRU-VNTR с 15 и 24 локусами для штаммов с генотипом Beijing, и был сделан вывод о том, что анализ этих локусов имел ограниченное применение для различения штаммов этого генотип.В своем исследовании они показали, что локусы VNTR 3820, 3232 и 4120 обладают высокой степенью полиморфизма в штаммах генотипа Beijing, и, таким образом, предложили использовать эти локусы для повышения дискриминирующей способности предложенного метода генотипирования 15-MIRU-VNTR. Однако другие исследования исключили эти локусы из-за трудностей, связанных с воспроизводимостью амплификации ПЦР (15, 21, 36).

Впоследствии исследование в Гонконге, в котором также изучались штаммы генотипа Beijing, показало, что различная комбинация 12 локусов VNTR и QUB (Королевский университет Белфаста) дает значение дискриминационного индекса Хантера-Гастона, которое почти равно этому значению. получено в стандарте IS 6110 генотипирования RFLP (12, 13).Однако это было опровергнуто более недавним исследованием из Китая, в котором было высказано предположение, что генотипирование MIRU-VNTR может переоценивать передачу в изолятах с генотипом Beijing (11). В совокупности эти результаты предполагают, что выбор локусов MIRU-VNTR для оптимальной дифференциации M. tuberculosis требует дальнейшей проверки в различных географических условиях. На сегодняшний день эффективность метода генотипирования MIRU-VNTR не оценивалась в условиях эпидемии и не тестировалась в контексте надежного M.tuberculosis филогенез.

В этом исследовании дискриминационная способность различных комбинаций локусов MIRU-VNTR определялась, как описано ранее (8, 10, 21, 22), и сравнивалась с методом генотипирования IS 6110 RFLP с использованием коллекции генотипа Beijing M. tuberculosis штаммов с хорошо изученным филогенетическим анамнезом (9). Результаты обсуждаются в контексте соответствия между различными методами генотипирования в их способности определять штамм и точно описывать эпидемиологию ТБ в условиях высокой заболеваемости.

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

Исследуемая популяция. Образцы мокроты были собраны в период с января 1993 г. по декабрь 2004 г. у новых и повторно лечившихся больных ТБ, которые постоянно проживали и посещали медицинские клиники на эпидемиологическом участке в Кейптауне, Южная Африка (31 ). Это исследование является частью более крупного долгосрочного молекулярно-эпидемиологического проекта, одобренного этическим комитетом Стелленбошского университета.

IS6110 Генотипирование RFLP. Изоляты M. tuberculosis культивировали на среде MGIT (Becton Dickinson) или Левенштейна-Йенсена, и ДНК экстрагировали, как описано ранее (32). Каждый изолят был классифицирован по IS 6110 Генотипирование RFLP (27) и сполиготипирование (14) с использованием международно стандартизованных протоколов. IS 6110 Образцы RFLP были проанализированы с помощью Gelcompar II (Applied-Maths, Sint-Martens-latem, Бельгия) с настройками допуска, позволяющими смещение положения полосы на 5% и изменение положения отдельной полосы на 0,6% для компенсации незначительных технических ошибок .Изоляты были признаны членами генотипа Beijing, если они имели характерный сполиготип Beijing (30). Только первый изолят M. tuberculosis из каждого случая был включен для последующего анализа. Каждый изолят Beijing был сгруппирован в одну из семи филогенетических подлиний в соответствии с 40 различными генетическими маркерами, как описано ранее (9).

Секвенирование ДНК. Последовательности ДНК генов katG , rpoB , embB и rrs изолятов, классифицированных как члены сублинии Beijing 5, определяли, как описано ранее (19, 25).

Типирование MIRU-VNTR. Двадцать семь локусов MIRU-VNTR амплифицировали с помощью ПЦР, как описано ранее (8, 10, 21, 22). Число повторов в каждом геномном локусе рассчитывали по электрофоретической подвижности соответствующего продукта ПЦР (23). Аллелям были присвоены числовые значения в соответствии с количеством повторов, присутствующих в этом геномном локусе. Изоляты были генотипически классифицированы в соответствии с семью различными комбинациями локусов MIRU-VNTR (таблица 1).

ТАБЛИЦА 1.

комбинаций локусов MIRU-VNTR

Аналитические расчеты.(i) Оценка кластеризации. Кластер (представляющий недавнюю или текущую передачу или интервал <2 лет) был определен как серия изолятов, имеющих один и тот же генотип (IS 6110 RFLP или MIRU-VNTR), в то время как изоляты с Считалось, что уникальные генотипы IS 6110 RFLP или MIRU-VNTR представляют реактивацию или приток заболевания в исследуемое сообщество (20). Вторичный анализ, включающий концепцию эволюции во время передачи, был выполнен с использованием наборов данных (генотипы согласно IS 6110 RFLP или конкретная комбинация локусов MIRU-VNTR), в которых изоляты, разделенные одним эволюционным событием, были объединены в цепочки передачи с генетическим расстояние 1 (24).

(ii) Оценка генетического разнообразия. Генетическое разнообразие для каждого отдельного локуса MIRU-VNTR, каждой из семи комбинаций локусов MIRU-VNTR (таблица 1) и отпечатков пальцев IS 6110 RFLP рассчитывалось как h = 1− ∑x i 2 [n / (n − 1)], где x i — частота аллеля i в локусе, n — количество изолятов в выборке. , а член n / ( n — 1) является поправкой на смещение в малых выборках (17).

(iii) Оценка соответствия и несоответствия. Соответствие между генотипами IS 6110 RFLP и соответствующими генотипами MIRU-VNTR рассчитывалось следующим образом: каждый изолят был спарен с каждым другим изолятом в наборе данных, и их генотипы ( IS 6110 RFLP и MIRU-VNTR) были оценены как совпадающие (идентичные) или несоответствующие (неидентичные). Согласование соответствия между соответствующими методами генотипирования рассчитывали согласно количеству парных изолятов, имеющих совпадение для обоих методов, как долю от общего числа пар, имеющих совпадающие генотипы IS 6110 RFLP.Это мера согласия между двумя методами относительно того, являются ли какие-либо два изолята частью одной и той же цепи передачи. Несоответствие конкордантности рассчитывали как количество парных изолятов, имеющих несовпадающие генотипы, для обоих методов как долю от общего числа пар, имеющих несовпадающие генотипы IS 6110 RFLP. Это мера согласия между двумя методами для любых двух изолятов, которые не являются частью одной и той же цепи передачи.

(iv) Оценка соответствия между уникальными генотипами.Соответствие между уникально встречающимися генотипами IS 6110 RFLP и генотипами MIRU-VNTR рассчитывали как долю изолятов, имеющих уникальные генотипы IS 6110 RFLP, которые также имели уникальные генотипы MIRU-VNTR.

(v) Оценка числа конвергентных событий. Конвергентная эволюция была идентифицирована путем проведения соединительных линий между каждым генотипом IS 6110 RFLP и каждым генотипом MIRU-VNTR, для которых было обнаружено, что изоляты имеют эту конкретную комбинацию генотипов (рис.1). Конвергентная эволюция была определена консервативно как существование изолятов, представляющих каждую из четырех возможных комбинаций двух генотипов IS 6110 RFLP (например, IS 1 и IS 2 ) и двух генотипов MIRU-VNTR (например, M 1 и М 2 ) (рис.1). Этот сценарий был бы возможен только в том случае, если один из генотипов MIRU-VNTR эволюционировал более одного раза, при условии, что вероятность конвергенции генотипа IS 6110 RFLP была значительно ниже, чем вероятность конвергенции генотипа MIRU-VNTR.Достоверность этого метода была подтверждена нанесением генотипов IS 6110 RFLP на филогенетическое дерево, построенное с использованием данных MIRU-VNTR в сочетании с алгоритмом объединения соседей (данные не показаны) (34).

РИС. 1.

Пример генотипов MIRU-VNTR (M x ) и IS 6110 RFLP (IS x ). Соединительные линии представляют комбинации генотипов MIRU-VNTR и IS 6110 RFLP, наблюдаемые в изолятах M. tuberculosis в условиях исследования.M 1 и M 2 связаны с IS 1 и IS 2 и, следовательно, представляют собой сходящееся событие. Ни M 3 , ни M 4 не имеют общих подключений к более чем одному IS x с любым другим M x . Таким образом, их соединительные линии указывают на простую линейную эволюцию.

(vi) Оценка количества дивергентных событий. Дивергентное эволюционное событие было подсчитано для каждого генотипа MIRU-VNTR, который существовал в комбинации только с одним генотипом IS 6110 RFLP, и где этот генотип IS 6110 RFLP был обнаружен в комбинации с более чем одним генотипом MIRU-VNTR (рис.2). Это означает, что генотип MIRU-VNTR возник после генотипа IS 6110 RFLP. Дивергентное событие было также добавлено для каждого сходящегося события, поскольку сходящееся событие подразумевает предшествующее расходящееся событие.

РИС. 2.

IS 6110 RFLP-паттерны бэндинга изолятов сублинии Beijing 5 с идентичными мутациями гена katG , rpoB , embB и rrs . Номера изолятов выделены жирным шрифтом, а номера кластеров IS 6110 -RFLP указаны в стандартном тексте (эти номера соответствуют номерам, приведенным в наборе данных S2 дополнительного материала).

(vii) Расчеты чувствительности и специфичности. Чувствительность и специфичность (а также положительные и отрицательные прогностические значения) IS 6110 RFLP и соответствующих методов генотипирования MIRU-VNTR были рассчитаны с использованием программного обеспечения GraphPad Prism 5 (Ла-Хойя, Калифорния) на основе от их способности правильно идентифицировать независимо генотипированный кластер лекарственной устойчивости.

РЕЗУЛЬТАТЫ

IS 6110 Генотипирование RFLP выявило 74 различных штамма среди 321 изолята с пекинским сполиготипом, собранным за 12-летний период (таблица 2).Из этих штаммов 272 были сгруппированы в 25 кластеров (содержащих от 2 до 100 изолятов), а 49 были уникальными штаммами. Общий процент кластеризации был рассчитан как 84,7% с использованием формулы n / T (1). Каждый изолят впоследствии был генотипирован по 27 локусам MIRU-VNTR и проанализирован в соответствии с семью различными комбинациями локусов MIRU-VNTR (таблица 1; см. Также наборы данных в дополнительном материале). Эффективность этих комбинаций локусов в отношении метода генотипирования IS 6110 RFLP определялась либо за 12-летний период (Таблица 2), либо за шесть последовательных 2-летних периодов (Таблица 3).В обоих анализах традиционный метод генотипирования локусов 12-MIRU недооценил количество идентифицированных генотипов (штаммов) и, таким образом, переоценил процент кластеризации (таблицы 2 и 3). Включение аллелей A, B и C точных тандемных повторов (ETR) в набор локусов 12-MIRU не привело к значительному улучшению количества обнаруженных штаммов или оценки кластеризации (таблицы 2 и 3). Анализ изолятов с использованием недавно предложенных комбинаций локусов 15- и 24-MIRU-VNTR увеличил количество идентифицированных штаммов; однако дискриминирующая сила этих комбинаций локусов оставалась ниже, чем наблюдаемая с использованием генотипирования IS 6110 RFLP (таблицы 2 и 3).Следовательно, эти комбинации локусов переоценивают кластеризацию. Добавление локусов VNTR 3232, 4120 и 3820 к комбинациям локусов 12-, 15- и 24-MIRU-VNTR увеличивало количество обнаруженных штаммов и тем самым давало оценки кластеризации, аналогичные или немного меньшие, чем у IS 6110. Генотипирование RFLP (таблицы 2 и 3). Это означает, что некоторые комбинации локусов MIRU-VNTR могут быть выбраны в качестве эпидемиологических маркеров для оценки степени как недавней (<2-летний интервал), так и продолжающейся (неограниченный интервал) передачи в условиях высокой встречаемости штаммов с генотипом Beijing.

ТАБЛИЦА 2.

Сравнение молекулярных эпидемиологических данных, полученных за 12-летний интервал с использованием методов генотипирования IS 6110 RFLP и MIRU-VNTR

ТАБЛИЦА 3.

Сравнение молекулярных эпидемиологических данных, полученных за шесть последовательных двухлетних интервалов с помощью IS 6110 Методы генотипирования RFLP и MIRU-VNTR

Чтобы определить, существует ли корреляция между определениями штамма в соответствии с IS 6110 методами генотипирования RFLP или MIRU-VNTR, сравнивали соответствующие генотипы.Из результатов, показанных в таблице 2, очевидно, что штамм, классифицированный как кластер в соответствии с IS 6110 Генотипирование RFLP, в некоторых случаях может быть классифицирован как уникальный в соответствии с различными комбинациями локусов MIRU-VNTR или наоборот. Используя попарный анализ, мы оценили степень соответствия между методами генотипирования IS 6110 RFLP и MIRU-VNTR в диапазоне от 39% до 68% в зависимости от используемых комбинаций локусов (таблицы 2 и 3). Включение дополнительных локусов MIRU-VNTR уменьшило степень согласованности в результате увеличения скорости дивергенции, вызванной более быстрой эволюцией, причем гипервариабельные локусы имели наибольший эффект.Напротив, включение дополнительных локусов увеличивало степень несовпадающей конкордантности, а также конкордантность между штаммами, идентифицированными как имеющие уникальные генотипы в соответствии с обоими методами генотипирования (IS 6110 RFLP и MIRU-VNTR). Следствием более быстрой эволюции стал повышенный риск конвергентных эволюционных событий (Таблица 2).

Чтобы определить, можно ли улучшить соответствие между соответствующими методами генотипирования, анализ был повторен, чтобы учесть генетическое расстояние 1, т.е.е., эволюция одиночных локусов MIRU-VNTR или однодиапазонные изменения в паттерне IS 6110 в пределах определения кластера. Результаты показали, что включение генетической дистанции оказало значительное влияние на определение кластера MIRU-VNTR, разрушив многие генотипы (таблица 2; см. Также набор данных S1 в дополнительном материале). Это было менее выражено для анализа RFLP IS 6110 (таблица 2; см. Также набор данных S1 в дополнительном материале). Соответствие соответствия было улучшено за счет эволюции генотипов MIRU-VNTR; однако несовпадающая конкордантность одновременно снижалась для генотипов, основанных на комбинациях локусов 12-MIRU.Это можно объяснить потерей дискриминирующей способности в результате коллапса генотипов, что связано с низкой скоростью эволюции. Напротив, несовпадающая согласованность была улучшена для комбинаций 15- и 24-MIRU-VNTR из-за более высокой скорости эволюции этих маркеров. Однако соответствие между уникальными генотипами оставалось низким (таблица 2).

Чтобы установить, какой из методов генотипирования обеспечивает наиболее точное описание продолжающейся передачи в условиях исследования, была отобрана самая большая группа изолятов, устойчивых к лекарственным средствам (обнаруженных в подлинии 5), на основе идентичных мутаций, придающих устойчивость к изониазиду, рифампицину, этамбутол и стрептомицин (см. набор данных S2 в дополнительном материале).Эти изоляты представляют собой продолжающееся распространение ранее описанной вспышки туберкулеза с множественной лекарственной устойчивостью (29). Всего было идентифицировано 35 изолятов с мутациями katG, 315 AGC к ACC, rpoB 531 TCG к TTG, embB 306 ATG к ATA и rrs 513 CAG к CCG мутациям, формируя единый, основанный на устойчивости к лекарствам кластер (рис.2). Чувствительность, специфичность, а также положительные и отрицательные прогностические значения, связанные со способностями различных маркеров идентифицировать кластер лекарственной устойчивости, приведены в таблице 4.Хотя чувствительность всех маркеров была высокой, причем некоторые из маркеров, основанных на локусах MIRU-VNTR, превосходили IS 6110 RFLP, специфичность всех маркеров MIRU-VNTR была существенно ниже, чем у IS 6110 RFLP. Включение генетической дистанции (единичных событий) в определение кластера, по-видимому, улучшило чувствительность большинства маркеров, но одновременно снизило специфичность маркеров MIRU-VNTR. На специфичность IS 6110 не повлияло включение генетической дистанции.Положительные прогностические значения не были существенно затронуты с учетом эволюции маркеров; однако, за исключением IS 6110 , который увеличился, и 24 MIRU и трех гипервариабельных локусов, которые остались неизменными, отрицательные прогностические значения для всех маркеров были уменьшены до нуля.

ТАБЛИЦА 4.

Значения чувствительности, специфичности, PPV и NPV для IS 6110 Методы генотипирования RFLP и MIRU-VNTR, основанные на правильной идентификации независимо генотипированного лекарственно-устойчивого кластера, характеризующегося уникальными мутациями в katG , rpoB Гены , embB и rrs

Чтобы определить, можно ли использовать генотипирование MIRU-VNTR в качестве метода филогенетической группировки штаммов с генотипом Beijing, была количественно определена корреляция между генотипом MIRU-VNTR и подлинией Beijing.Поскольку подлиния 3 и 4 и подлинии 5 и 6 были выделены исключительно на основе IS 6110 в нашем наборе данных, эти две пары подлиний были объединены для целей этого анализа. Таблица 2 показывает, что соответствующие комбинации локусов MIRU-VNTR правильно сгруппировали> 96% изолятов в соответствии с их суб-линейным обозначением, по сравнению со 100% с генотипированием IS 6110 RFLP. Включение генетической дистанции снизило способность методов генотипирования, основанных на комбинациях локусов 12-MIRU, правильно группировать изоляты (таблица 2).

ОБСУЖДЕНИЕ

IS 6110 Генотипирование RFLP является наиболее широко используемым методом генотипирования для исследования и понимания эпидемиологии M. tuberculosis (27). Однако исследования, сравнивающие молекулярно-эпидемиологические данные IS 6110 RFLP и данные отслеживания контактов, поставили под сомнение правильность определения передачи (4, 26). Для решения этих проблем генотипирование MIRU-VNTR с использованием комбинаций локусов 15- или 24-MIRU-VNTR было всесторонне оценено как новый стандарт генотипирования для молекулярно-эпидемиологических исследований M.туберкулез (21). Было обнаружено, что соответствие между данными генотипирования MIRU-VNTR и отслеживанием контактов выше, чем у IS 6110 RFLP в условиях низкой заболеваемости (2, 18). Однако эти комбинации локусов MIRU-VNTR не были полностью протестированы в географических регионах эндемичности ТБ или в рамках устойчивой филогении M. tuberculosis . Наши результаты подтверждают предыдущие результаты (2, 10, 18, 21), которые предположили, что генотипирование MIRU-VNTR с использованием тщательно отобранных комбинаций локусов может быть использовано для оценки степени недавней или продолжающейся передачи.Включение трех гипервариабельных локусов улучшило дискриминационную способность метода генотипирования MIRU-VNTR в этой пекинской линии, тем самым поддерживая предыдущее предложение об их включении (10). Однако использование этих локусов требует дальнейшей оценки в других эволюционных линиях, поскольку сообщалось о трудностях, связанных с воспроизводимостью амплификации (15, 21, 36).

Мы пришли к выводу, что метод генотипирования MIRU-VNTR на основе ПЦР может быть применен в качестве эпидемиологического инструмента для измерения эффективности программы борьбы с туберкулезом с течением времени в определенных географических условиях.Однако наблюдаемое совпадение оценок недавней и продолжающейся передачи при использовании методов генотипирования IS 6110 RFLP или MIRU-VNTR было лишь случайным. Последующий анализ данных MIRU-VNTR по сравнению с данными генотипирования RFLP IS 6110 показал, что классификация штамма в соответствии с его генотипом значительно различается в зависимости от используемого метода генотипирования. Соответственно, наше исследование показало, что степень соответствия и несоответствия, а также соответствие между уникальными штаммами была низкой.Это привело к несоответствию между цепями передачи, предсказанными соответствующими методами генотипирования. Соответствие совпадений увеличивалось, когда генетическое расстояние было включено в расчет кластеризации для всех комбинаций MIRU-VNTR. Однако этот эффект был компенсирован в случае маркеров на основе 12-MIRU сопутствующим снижением несовпадающей конкордантности, чего не было для комбинаций 15- и 24-MIRU-VNTR. Из этого очевидно, что дополнительные локусы, включенные в комбинации 15- и 24-MIRU-VNTR (с добавлением гипервариабельных локусов или без них), улучшили общую согласованность MIRU-VNTR по отношению к IS 6110 RFLP.Это может быть связано с тем, что эти локусы по своей природе менее стабильны и, следовательно, более информативны. Однако предостережение относительно включения генетической дистанции в формулу кластеризации состоит в том, что эпидемиологически несвязанные случаи могут быть неправильно связаны в цепи передачи.

Наш анализ кластера лекарственной устойчивости для выяснения того, какой из методов генотипирования обеспечивает наиболее точное отражение эпидемиологии, выявил недостатки обоих методов генотипирования IS 6110 RFLP и MIRU-VNTR.Этот анализ подтвердил предыдущее исследование, которое продемонстрировало, что текущая передача характеризовалась эволюцией генотипов варианта IS 6110 RFLP с одновременным сохранением существующих генотипов (33). Аналогичное наблюдение было обнаружено при использовании различных комбинаций локусов MIRU-VNTR. Это можно объяснить тем, что эволюция разных локусов могла происходить как конвергентно, так и дивергентно. Вместе эти результаты подтверждают предыдущие результаты, которые предполагали, что определение продолжающейся передачи согласно IS 6110 RFLP или генотипирование MIRU-VNTR должно включать близкородственные генотипы (18, 24, 35).Однако, когда допускаются отдельные изменения MIRU-VNTR в рамках определения кластера, метод генотипирования MIRU-VNTR свернул многие изоляты подлинии 5 в ограниченное количество кластеров. В результате большинство изолятов были сгруппированы как устойчивые, что придавало методу высокую чувствительность, но при этом снижало специфичность. Напротив, идентификация изолятов в кластере лекарственной устойчивости в значительной степени сохранялась с помощью анализа RFLP IS 6110 , несмотря на включение генетической дистанции.Это предполагает, что анализ RFLP IS 6110 в сочетании с генетической дистанцией позволяет более точно отразить текущую передачу этой вспышки туберкулеза с множественной лекарственной устойчивостью в этих условиях. Этот вывод важен для интерпретации молекулярных эпидемиологических данных в условиях, когда отслеживание контактов чрезвычайно затруднено. Тем не менее, мы признаем, что соответствие между выводами IS 6110 RFLP и передачей требует дальнейшего изучения в различных условиях и в M.tuberculosis штаммов с различным генетическим происхождением.

Наши результаты отличаются от предыдущих исследований (2, 18), которые продемонстрировали тесную корреляцию между IS 6110 RFLP и генотипированием MIRU-VNTR. Эти исследования проводились в условиях Западной Европы с низким уровнем заболеваемости туберкулезом и где эпидемия туберкулеза в основном вызвана реактивацией и иммиграцией (6). В этих условиях эффективные программы борьбы с туберкулезом в значительной степени предотвратят недавнюю и текущую передачу и последующее поколение близкородственных клональных вариантов.Таким образом, ожидается сохранение генетического разнообразия. В большинстве случаев это будет означать, что штаммы, культивируемые от больных туберкулезом, будут генетически отдаленно родственны и, следовательно, не будут разделять ни паттерны бэндинга IS 6110 RFLP, ни генотипы MIRU-VNTR. Соответственно, генотипирование MIRU-VNTR будет различать штаммы на уровне, аналогичном уровню генотипирования IS 6110 RFLP. Напротив, наши условия высокой заболеваемости туберкулезом способствовали эволюции большого числа генетически близких штаммов, которые поддерживаются в популяции хозяев.Генетическая дистанция между этими штаммами часто бывает такой природы, что штаммы либо имеют идентичные генотипы IS 6110 RFLP и вариантные генотипы MIRU-VNTR, либо наоборот. Соответственно, мы предполагаем, что степень несоответствия между генотипированием IS 6110 RFLP и MIRU-VNTR зависит от генетического расстояния между изолятами. Это подтверждается наблюдением, что отдаленно родственные изоляты из разных подлиний Beijing развили разные генотипы IS 6110 RFLP и MIRU-VNTR.

Таким образом, мы пришли к выводу, что методы генотипирования IS 6110 RFLP и MIRU-VNTR имеют ограничения в определении цепочек передачи штаммов M. tuberculosis Beijing генотипа в условиях высокой заболеваемости.

БЛАГОДАРНОСТИ

Благодарим Фонд Гарри Кроссли и 6-ю рамочную программу Европейской комиссии по демонстрации научно-технического развития (проект № 037919) за финансовую поддержку этого проекта.

СНОСКИ

    • Поступила 23 апреля 2008 г.
    • Возвращено для модификации 8 июня 2008 г.
    • Принято 7 августа 2008 г.
  • Copyright © 2008 Американское общество микробиологии

ССЫЛКИ

  1. 1.↵

    Alland, D., GE Kalkut, Мосс, Р. А. Макадам, Дж. А. Хан, В. Босуорт, Э. Друкер и Б. Р. Блум. 1994. Передача туберкулеза в Нью-Йорке. Анализ дактилоскопией ДНК и обычными эпидемиологическими методами. N. Engl. Дж.Мед. 330 : 1710-1716.

  2. 2.↵

    Allix-Beguec, C., M. Fauville-Dufaux, and P. Supply. 2008. Трехлетняя популяционная оценка стандартизированного микобактериального чередующегося тандемно-повторяющегося типирования с повторяющимися единицами и переменным числом Mycobacterium tuberculosis . J. Clin. Microbiol.46 : 1398-1406.

  3. 3.↵

    Бифани, П. Дж., Б. Б. Пликайтис, В. Капур, К. Стокбауэр, X. Пан, М. Л. Лютфей, ​​С.Л. Могхазех, В. Эйснер, Т. М. Дэниел, М. Х. Каплан, Дж. Т. Кроуфорд, Дж. М. Массер и Б. Н. Крейсвирт. 1996. Происхождение и межгосударственное распространение семейства клонов Mycobacterium tuberculosis Нью-Йорка с множественной лекарственной устойчивостью. JAMA275 : 452-457.

  4. 4.↵

    Cowan, L. S., L. Diem, T. Monson, P. Wand, D. Temporado, T. V. Oemig и J. T. Crawford. 2005. Оценка двухэтапного подхода к крупномасштабному проспективному генотипированию изолятов Mycobacterium tuberculosis в США.J. Clin. Microbiol.43 : 688-695.

  5. 5.↵

    Cruz-Ferro, E., and E. Fernandez-Nogueira. 2007. Эпидемиология туберкулеза в Галисии, Испания, 1996-2005 гг. Int. J. Tuberc. Легочный Dis.11 : 1073-1079.

  6. 6.↵

    Дале, У. Р., В. Элдхольм, Б. А. Винье, Т. Маннсакер и Э. Хельдал. 2007. Влияние иммиграции на молекулярную эпидемиологию Mycobacterium tuberculosis в стране с низким уровнем заболеваемости.Являюсь. J. Respir. Крит. Care Med. 176 : 930-935.

  7. 7.↵

    Gagneux, S., K. DeRiemer, T. Van, M. Kato-Maeda, BC de Jong, S. Narayanan, M. Nicol, S. Niemann, K. Kremer, MC Гутьеррес, М. Хилти, П. К. Хопуэлл и П. М. Смолл. 2006. Совместимость различных патогенов и хозяев в Mycobacterium tuberculosis . Proc. Natl. Акад. Sci. USA103 : 2869-2873.

  8. 8.↵

    Гибсон, А., Т. Браун, Л.Бейкер, Ф. Дробневский. 2005. Может ли тандемный анализ тандемных повторов с вкраплениями 15-локусов микобактерий с перемежающимися повторяющимися единицами-переменными числами дать представление об эволюции Mycobacterium tuberculosis ? Прил. Environ. Microbiol.71 : 8207-8213.

  9. 9.↵

    Ханеком, М., Г. Д. ван дер Спуй, Э. Штрейхер, С. Л. Ндабамби, К. Р. Макэвой, М. Кидд, Н. Бейерс, Т. К. Виктор, П. Д. ван Хелден и Р. М. Уоррен. 2007. Недавно появившаяся часть семейства штаммов Mycobacterium tuberculosis Beijing связана с повышенной способностью распространяться и вызывать заболевания.J. Clin. Microbiol.45 : 1483-1490.

  10. 10.↵

    Ивамото, Т., С. Йошида, К. Судзуки, М. Томита, Р. Фудзияма, Н. Танака, Ю. Каваками и М. Ито. 2007. Гипервариабельные локусы, которые усиливают дискриминационную способность недавно предложенного метода тандемного повтора с вариабельным числом из 15 и 24 локусов на штаммах Mycobacterium tuberculosis , преобладающих в семье Beijing. FEMS Microbiol. Lett.270 : 67-74.

  11. 11.№

    Цзяо, В. В., Мокроусов И., Сунь Г. З., Го Ю. Дж., Вязовая А., Нарвская О., Шен А. Д.. 2008. Оценка новых систем тандемных повторов с переменным числом для типирования Mycobacterium tuberculosis с изолятами генотипа Beijing из Пекина, Китай. J. Clin. Microbiol.46 : 1045-1049.

  12. 12.↵

    Кам, К. М., К. В. Ип, Л. В. Це, К. Л. Леунг, К. Л. Вонг, В. М. Ко и В. С. Вонг. 2006. Оптимизация набора тандемных повторяющихся типов с переменным числом для дифференциации штаммов Mycobacterium tuberculosis в семействе Beijing.FEMS Microbiol. Lett.256 : 258-265.

  13. 13.↵

    Кам, К. М., К. В. Ип, Л. В. Це, К. Л. Вонг, Т. К. Лам, К. Кремер, Б. К. Ау и Д. ван Сулинген. 2005. Использование микобактериального типирования с вкраплениями повторяющихся единиц для дифференциации изолятов семейства Beijing Mycobacterium tuberculosis с множественной лекарственной устойчивостью. J. Clin. Microbiol.43 : 306-313.

  14. 14.↵

    Kamerbeek, J., L.Schouls, A. Kolk, M. van Agterveld, D. van Soolingen, S. Kuijper, A. Bunschoten, H. Molhuizen, R. Shaw, M. Goyal и J. Van Embden. 1997. Одновременное обнаружение и дифференциация штаммов Mycobacterium tuberculosis для диагностики и эпидемиологии. J. Clin. Microbiol.35 : 907-914.

  15. 15.↵

    Кремер, К., К. Арнольд, А. Катальди, М. К. Гутьеррес, У. Х. Хаас, С. Панайотов, Р. А. Скуче, П. Сапплай, А. Г. ван дер Занден и Д. ван Сулинген . 2005. Дискриминационная сила и воспроизводимость новых методов типирования ДНК для штаммов комплекса Mycobacterium tuberculosis . J. Clin. Microbiol.43 : 5628-5638.

  16. 16.↵

    Lopez-Calleja, AI, MA Lezcano, MA Vitoria, MJ Iglesias, A. Cebollada, C. Lafoz, P. Gavin, L. Aristimuno, MJ Revillo, C. Martin, and S. Сампер. 2007. Генотипирование Mycobacterium tuberculosis за два периода: изменение сценария передачи туберкулеза.Int. J. Tuberc. Легочный Dis.11 : 1080-1086.

  17. 17.↵

    Nei, M. 1978. Оценка средней гетерозиготности и генетической дистанции от небольшого числа особей. Genetics89 : 583-590.

  18. 18.↵

    Олеманн, М. К., Р. Диль, В. Ватин, В. Хаас, С. Руш-Гердес, К. Лохт, С. Ниманн и П. Поставка. 2007. Оценка оптимизированной микобактериальной системы тандемно-повторяющегося типирования с вкраплениями повторяющихся единиц, переменных чисел, в сочетании со сполиготипированием для популяционных молекулярно-эпидемиологических исследований туберкулеза.J. Clin. Microbiol.45 : 691-697.

  19. 19.↵

    Преториус, Г. С., П. Д. ван Хелден, Ф. Сиргель, К. Д. Эйзенах и Т. К. Виктор. 1995. Мутации в последовательностях гена katG в устойчивых к изониазиду клинических изолятах Mycobacterium tuberculosis встречаются редко. Противомикробный. Агенты Chemother. 39, : , 2276-2281.

  20. 20.↵

    Смолл, П. М., П. К. Хоупуэлл, С. П. Сингх, А. Паз, Дж. Парсоннет, Д.К. Растон, Г. Ф. Шектер, К. Л. Дейли и Г. К. Школьник. 1994. Эпидемиология туберкулеза в Сан-Франциско. Популяционное исследование с использованием традиционных и молекулярных методов. N. Engl. J. Med. 330 : 1703-1709.

  21. 21.↵

    Supply, P., C. Allix, S. Lesjean, M. Cardoso-Oelemann, S. Rusch-Gerdes, E. Willery, E. Savine, HP de, DH van, S Роринг, П. Бифани, Н. Курепина, Б. Крейсвирт, К. Сола, Н. Растоги, В. Ватин, М.С. Гутьеррес, М.Fauville, S. Niemann, R. Skuce, K. Kremer, C. Locht и D. van Soolingen. 2006. Предложение по стандартизации оптимизированного микобактериального тандемного повторного типирования с вкраплениями повторяющихся единиц и переменных номеров Mycobacterium tuberculosis . J. Clin. Microbiol.44 : 4498-4510.

  22. 22.↵

    Supply, P., S. Lesjean, E. Savine, K. Kremer, D. van Soolingen и C. Locht. 2001. Автоматизированное высокопроизводительное генотипирование для изучения глобальной эпидемиологии Mycobacterium tuberculosis на основе повторяющихся микобактериальных единиц.J. Clin. Microbiol.39 : 3563-3571.

  23. 23.↵

    Supply, P., E. Mazars, S. Lesjean, V. Vincent, B. Gicquel и C. Locht. 2000. Вариабельные человеческие минисателлитные области в геноме Mycobacterium tuberculosis . Мол. Microbiol.36 : 762-771.

  24. 24.↵

    ван дер Спай, Г. Д., Р. М. Уоррен, М. Ричардсон, Н. Бейерс, М. А. Бер и П. Д. ван Хелден. 2003. Использование генетической дистанции как меры текущей передачи Mycobacterium tuberculosis .J. Clin. Microbiol.41 : 5640-5644.

  25. 25.↵

    van der Zanden, A. G., E. M. Te Koppele-Vije, B. N. Vijaya, D. van Soolingen, and L. M. Schouls. 2003. Использование экстрактов ДНК с препаратов, окрашенных по Цилю-Нильсену, для молекулярного определения устойчивости к рифампину и сполиготипирования Mycobacterium tuberculosis . J. Clin. Microbiol.41 : 1101-1108.

  26. 26.↵

    van Deutekom, H., P. Supply, P.Э. де Хаас, Э. Виллери, С. П. Хойнг, К. Лохт, Р. А. Коутиньо и Д. ван Сулинген. 2005. Молекулярное типирование Mycobacterium tuberculosis с помощью тандемного анализа микобактерий с вкраплениями повторяющихся повторяющихся единиц и переменных чисел, более точный метод определения эпидемиологических связей между пациентами с туберкулезом. J. Clin. Microbiol.43 : 4473-4479.

  27. 27.↵

    ван Эмбден, Дж. Д., М. Д. Кейв, Дж. Т. Кроуфорд, Дж. У. Дейл, К.Д. Эйзенах, Б. Гикель, П. Херманс, К. Мартин, Р. Макадам и Т. М. Шинник. 1993. Идентификация штамма Mycobacterium tuberculosis по отпечаткам ДНК: рекомендации по стандартизированной методологии. J. Clin. Microbiol.31 : 406-409.

  28. 28.↵

    ван Ри, А., Р. Уоррен, М. Ричардсон, Т. К. Виктор, Р. П. Ги, Д. А. Энарсон, Н. Бейерс и П. Д. ван Хелден. 1999. Экзогенная реинфекция как причина рецидива туберкулеза после лечения.N. Engl. J. Med. 341 : 1174-1179.

  29. 29.↵

    ван Ри, А., Р. М. Уоррен, Н. Бейерс, Р. П. Ги, К. Н. Классен, М. Ричардсон, С. Л. Сэмпсон, Т. К. Виктор и П. Д. ван Хелден. 1999. Передача штамма Mycobacterium tuberculosis с множественной лекарственной устойчивостью, напоминающего «штамм W», среди неинституционализированных пациентов с серонегативным вирусом иммунодефицита человека. J. Infect. Дис. 180 : 1608-1615.

  30. 30.↵

    ван Сулинген, Д., Л. Киан, П. Э. де Хаас, Дж. Т. Дуглас, Х. Траоре, Ф. Портаэлс, Х. З. Цин, Д. Энхсайкан, П. Нимадава и Дж. Д. ван Эмбден. 1995. Преобладание единственного генотипа Mycobacterium tuberculosis в странах Восточной Азии. J. Clin. Microbiol.33 : 3234-3238.

  31. 31.↵

    Вервер, С., Р. М. Уоррен, З. Мунк, Э. Винницки, П. Д. ван Хелден, М. Ричардсон, Г. Д. ван дер Спай, Д. А. Энарсон, М.В. Боргдорф, М. А. Бер и Н. Бейерс. 2004. Передача туберкулеза в городской среде с высокой заболеваемостью в Южной Африке. Int. J. Epidemiol.33 : 351-357.

  32. 32.↵

    Р. Уоррен, М. де Кок, Э. Энгельке, Р. Майбург, Н. Гей ван Питтиус, Т. Виктор и П. ван Хелден. 2006. Безопасный метод извлечения ДНК Mycobacterium tuberculosis , не нарушающий целостность. J. Clin. Microbiol.44 : 254-256.

  33. 33.№

    Уоррен Р. М., Г. Д. ван дер Спуй, М. Ричардсон, Н. Бейерс, К. Бойзен, М. А. Бер и П. Д. ван Хелден. 2002. Развитие модели полиморфизма длины рестрикционных фрагментов на основе IS 6110 во время передачи Mycobacterium tuberculosis . J. Clin. Microbiol. 40 : 1277-1282.

  34. 34.↵

    Уоррен, Р. М., Т. К. Виктор, Э. М. Штрейхер, М. Ричардсон, Г. Д. ван дер Спай, Р. Джонсон, В. Н.Chihota, C. Locht, P. Supply и P. D. van Helden. 2004. Клональная экспансия всемирно распространенной линии Mycobacterium tuberculosis с низким числом копий IS 6110 . J. Clin. Microbiol.42 : 5774-5782.

  35. 35.↵

    Йе, Р. У., А. Понсе де Леон, К. Б. Агасино, Дж. А. Хан, К. Л. Дейли, П. К. Хопуэлл и П. М. Смолл. 1998. Стабильность генотипов ДНК Mycobacterium tuberculosis . J. Infect. Дис.177 : 1107-1111.

  36. 36.↵

    Йокояма, Э., К. Кишида, М. Учимура и С. Ичинохе. 2007. Улучшенная дифференциация штаммов Mycobacterium tuberculosis , включая многие штаммы с генотипом Beijing, с использованием новой комбинации переменного числа локусов тандемных повторов. Заразить. Genet. Evol.7 : 499-508.

Расчет GDD и их важность для прогнозирования первого цветения (27 февраля 2014 г.)

— Написано Barclay Poling